Среди русских епархий Рязанская архиепископия была третьей по значимости, поэтому архиепископ Мисаил «почтен седанием быти третьим архиепископом». Государь же Алексей Михайлович пожаловал ему служебную архиерейскую подушку.
5 мая 1651 года рязанский владыка получил Ставленную грамоту о назначении и в скором времени покинул столицу и отправился в свою епархию водным путем на струге. Через восемь дней он был радостно, в торжественной обстановке встречен паствой Переяславля Рязанского.
Вскоре рязанцы, воочию видя высокую жизнь своего архипастыря, могли воскликнуть вместе с пророком: И привели они к нам, так как благодеющая рука Бога нашего была над нами, человека умного (1 Езд. 8, 18).
По прибытии на Рязанскую кафедру святитель Мисаил обнаружил многие «нестроения» беспорядки и нарушения церковных правил. При виде того, что люди уклоняются от указанного Господом пути спасения, а «ревнуют об образе зверином» и гибнут в пороках, душа владыки Мисаила исполнилась скорби и он составил грамоту, в которой говорил о церковном благочинии и об улучшении нравственности в духовенстве и народе. Грамота была разослана во все концы обширной епархии. Особенно горько для архипастыря было то, что пороки распространялись среди священников и монашествующих, ибо он всегда помнил наставление Божие: решивший посвятить себя на служение Ему должен пребывать в полном трезвении (Чис. 6, 1–3).