Начиная с этого же года Гизлиери опутал город своей шпионской сетью. Его агенты действовали повсюду — от городских трущоб до кухонь дворцов римской знати. Собранные агентами инквизиции сведения передавались лично Гизлиери двумя способами: устно и с помощью так называемых
За несколько лет глава инквизиции сумел создать одну из самых обширных и работоспособных агентурных сетей, а также собрать одну из лучших картотек сведений
23 мая 1555 года, после очень короткого (меньше месяца) правления папы Маркела II, кардинал Джанпьетро Караффа, не встретив сопротивления ни со стороны императорской, ни со стороны французской оппозиции, голосованием конклава был избран папой римским. Посол Венеции Джакомо Наваджеро так охарактеризовал нового папу, которому было в ту пору семьдесят девять лет: «Караффа — папа, обладающий темпераментом неистовым и пламенным. В делах управления церковью проявляет он неумеренную запальчивость. К тому же этот престарелый понтифик не переносит, кажется, когда кто-либо ему противоречит».
Караффа, уже ставший папой Павлом IV, начинает опасаться могущества и власти Гизлиери. (Дело дошло до того, что римское простонародье окрестило генерала инквизиции «теневым папой».) Однако, несмотря ни на что, папа производит Микеле Гизлиери в кардиналы. С этого момента инквизитор становится все более могущественным и опасным. Многие члены коллегии кардиналов не желали допускать, чтобы он, будучи инквизитором, вершил судьбы католической церкви.
А шпионы Гизлиери работали в полную силу, сея ужас на улицах Рима. Агенты кардинала, известные как «черные монахи», выбирали жертву и ждали, когда этот человек окажется на какой-нибудь безлюдной улице. Тогда его хватали, запихивали в закрытый фургон и везли в одно из тайных помещений инквизиции. Некий монах, видевший собственными глазами прибытие схваченных во дворец Святой инквизиции в Риме, оставил такое описание этого события (оно приводится в книге Леонарда Галуа «Общая история инквизиции», 1869 г.):