У Маргариты была роскошная яхта, на которой она постоянно пересекала Гибралтарский пролив от Пиньона до Танжера. Говорят, что эти таинственные плавания шпионка совершала для того, чтобы помочь бежать через Марокко видным нацистам, таким, как начальник концентрационного лагеря Треблинка Франц Стангль; руководитель операции «Окончательное решение» Адольф Эйхман; один из первых лиц гестапо в Италии, ответственный за так называемую «резню в Фосас-Ардеатинас» Эрих Прибке или Рейнхард Копс, руководивший депортацией и уничтожением албанских евреев (между прочим, добрый приятель Священного Альянса).
На самом деле д’Андурайн была только маленьким колесиком в огромной машине, которую Ватикан и организация «Одесса» соорудили для того, чтобы помогать нацистам и военным преступникам бежать по одному из двух путей, образовывавших так называемый «Ватиканский коридор». Один путь шел через Швейцарию — Францию — Испанию — Гибралтар — Марокко в Южную Америку, и Маргарита д’Андурайн отвечала за определенный участок этого пути — переправу беглецов через Гибралтар в Марокко. А оказавшись там, военные преступники пересаживались на торговые суда, которые отправлялись и Аргентину, Уругвай, Бразилию, Перу или Чили.
Ночью 5 ноября 1948 года безжизненное тело Маргариты д’Андурайн было найдено в водах залива Танжер. Английские секретные службы, расквартированные в Гибралтаре, провели расследование этого убийства. По их мнению, существовало три возможности. Во-первых, Маргариту д’Андурайн могли убить члены организации «Одесса», которые хотели заставить молчать женщину, слишком много знавшую о том, куда отправлялись такие нацистские иерархи, как Эйхман, Копс, Прибке, Менгеле пли Фишбок.
Из допросов, которые проводили англичане и американцы, следовало, что эта женщина была связана с неким Пончини, человеком высокого роста, смуглолицым и очень похожим на ее вероятного любовника: их видели имеете на разных празднествах и в казино. Разрабатывая try версию, англичане занялись человеком по имени Ганс Абель, бывшим агентом разведки Рейха, с целью проверить, мог ли он осуществить убийство сорокасемилетней шпионки.
Согласно второй версии, которую считали наиболее вероятной американцы, это убийство могло быть делом рук какого-нибудь агента секретных служб Израиля. Эту версию подкрепляет и книга историка Ричарда Дикона «Секретные службы Израиля»
Дикон считал, будто американцы знали, что некий израильский агент в Танжере раскрыл созданную Ватиканом Пия XII систему содействия нацистским военным преступникам, прямо или косвенно виновным в массовых убийствах евреев в Европе во время недавней войны. Израильтяне собрали множество доказательств в Тетуане, в испанском секторе Марокко, с помощью одного испанца, который предоставлял убежище многим нацистским преступникам, которых потом графиня Маргарита д’Андурайн переправляла на своей яхте через Гибралтарский пролив. Этот испанец рассказал израильтянам, что д’Андурайн входила в организацию «Одесса» и помогала нацистским военным преступникам скрыться в Южной Америке.
Всю эту информацию передали в Тель-Авив, и оттуда поступил приказ ликвидировать сотрудницу «Одессы». В конце октября 1948 года три израильских агента прибыли на грузовом судне в некий марокканский порт. Сойдя на берег, они поселились в небольшой гостинице в Танжере. Вечером 4 ноября один из них заметил, что яхта Маргариты д’Андурайн входит в порт. Сама шпионка стояла у руля.
В ту же ночь и она, и три израильских агента исчезли. Тело шпионки нашли на следующую ночь в водах залива. Американские секретные службы подозревали, что убийство шпионки, работавшей на «Одессу», могло быть делом рук израильских спецслужб.
Третий возможный сценарий убийства Маргариты д’Андурайн выдвинули также наблюдавшие за ней французские секретные службы. По сообщениям французских агентов, Маргариту д’Андурайн видели в обществе «мужчины привлекательной наружности, высокого и смуглолицего» — описание, которое весьма соответствовало отцу Никола Эсторци, агенту Священного Альянса, известному под именем Посланник. За несколько недель до этого Эсторци видели в нунциатуре в Мадриде, где он, по всей видимости, получал инструкции от своего начальства.