В 1993 году в церкви возобновились Богослужения. В 1995 году Указом Священного Синода сестричеству дан статус ставропигиального женского монастыря. Ставропигиальные монастыри – управляемые непосредственно Патриархом или Священным Синодом и пользующиеся особыми привилегиями. Название, взятое из греческого языка и означающее «утверждаю крест», указывает, что крест в этих монастырях водружали патриархи. Таким образом, Зачатьевский женский ставропигиальный монастырь находится под покровительством самого Святейшего Патриарха Всероссийского. Возрождаются в обители благочестивые традиции монашеской жизни.
С чудотворной иконы Богоматери «Милостивая», временно пребывавшей в Обыденском храме, сделали список, на котором, в отличие от чудотворного образа, Царица Небесная была изображена с настоятельским жезлом. Вскоре после своего водворения в храме список стал мироточить. И вот, в праздник иконы Божией Матери «Милостивая», 25 ноября 1999 года, чудотворный образ был возвращен в Зачатьевский монастырь. Торжественный крестный ход прошел по старым московским улочкам от храма святого пророка Илии до обители. В нем участвовал Патриарх Алексий II, четыре архипастыря, множество священников и мирян Русской Православной Церкви. В монастыре Святейшим Патриархом была отслужена Божественная литургия. Предстоятель Русской Православной Церкви поздравил насельниц с возвращением чудотворного образа и пожелал, чтобы святыня укрепляла мать-игуменью, духовенство, сестер обители и всех тех, кто приходит в Зачатьевский монастырь на общую молитву. Патриарх Алексий II вручил игуменье Иулиании посох последней настоятельницы монастыря как символ того, что отныне ей вручается попечение о насельницах обители. Святейший Патриарх пожелал милости Царицы Небесной в дальнейшем возрождении монастыря.
Два года спустя произошло еще одно долгожданное событие: 16 мая 2001 года состоялось прославление в лике святых основательниц Зачатьевского ставропигиального женского монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии – верных помощниц Небесной Игумении в деле управления древней обителью.
При подготовке к этому великому празднеству сестрам вызвались помогать прихожане многих московских храмов. Вывозили горы мусора, стригли газоны, белили деревья, сажали цветы, красили двери и ворота, и многое-многое другое делали к прославлению матушек. За несколько дней до торжества около школы, стоящей на месте разрушенного собора, поставили сень, в которой был устроен алтарь. Уродливое здание учебного заведения завесили огромным полотном с изображением Воскресшего Спасителя. Но самым прекрасным местом в монастыре стали могилки основательниц. Земля была устлана зеленым бархатным ковром травы, на крест и деревянную оградку спустились воздушные облачка белоснежных роз и хризантем, а сами надгробия были покрыты пестрым воздухом из разнообразных цветов.
В день торжества с раннего утра сияло солнце, после долгого ненастья согревая мир своими лучами. Постепенно стекался народ. Все вокруг пестрело от пасхально-красного облачения духовенства: на торжество прибыло 6 архиереев и около 100 священнослужителей. Но вот радостно зазвонили колокола, хор запел «От восток солнца», и чрез Святые врата ступил на монастырскую землю Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий. Началось торжественное Богослужение. Пение клироса, которому вторили трели птиц и шелест листьев, возносилось к голубому куполу неба, восхваляя и прославляя Господа. Духовенство и молящиеся слились в одно целое в молитве ко Творцу всяческих.
Обитель превратилась в громадный храм, в величественный дом Божий.
Торжество завершилось, духовенство и паломники разъехались, но вновь и вновь возносится ко Всеблагому Господу молитва занявших днесь место в сонме святых преподобных Иулиании и Евпраксии о духовном процветании своей Зачатьевской обители.
В настоящее время при монастыре создано и работает свое издательство. Имеет монастырь и два подворья, одно из них – в подмосковной Барвихе. Эта земля принадлежала монастырю еще до революции. В 1930 году деревянный храм был разобран, и на его месте построили школу в Ромашкове. Когда в 1996-м земля была возвращена, от той самой школы, а точнее, от старого храма были взяты три бревна и положены в основание нового прекрасного храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы. На территории также находятся хозяйственные блоки. Второе подворье – в Ярославской области. Здесь – живность и огороды. Удивительно, но до недавнего времени в самой обители, в центре Москвы, у матушек жили козы, куры. Сегодня они на подворьях.
Среди святынь Зачатьевского монастыря – икона Божией Матери «Милостивая»; Крест-Распятие с частицами Крови Христовой, древа Креста и Гроба Господня, икона великомученика Георгия Победоносца, великомученика Пантелеймона с частицей мощей; икона Зачатия святой праведной Анны, мощевик с частицами святых мощей новомучеников и исповедников Российских. Особо почитается место погребения основательниц монастыря, игумении Иулиании и монахини Евпраксии.