Соборно совершались все важнейшие дела. Так, при Василии II был собор для изгнания митрополита Исидора, принявшего Флорентийскую унию. Собором постановлено самостоятельное избрание русских митрополитов. В 1401 митр, Киприан собрал собор в Москве для отрешения двух епископов. В 1498 и 1504 созывались соборы по поводу борьбы с "жидовской ересью".
В 1551 состоялся знаменитый Стоглавый собор, в 1554 - собор по поводу ереси Башкина. Вообще по поводу ересей они возникали нередко (как в 1582 и 1698), но собирались и по поводу всяких других церковных дел. Так было в 1580 и 1573, а засим - собор об исправлении книг, в 1621 - о крещении латинян, в 1656 - о крестном знамении, в 1660 и 1666 - по делу патриарха Никона. Соборы происходили до самого конца XVII в. (1684-98), и был даже один в XVIII.
Огромное значение Соборов, как церковной власти, видно уже из их столкновений с высшими властями иерархии и государства. Так, например, ересь жидовствующих в свое время казалась необоримою. Ее усвоил даже сам митрополит Зосима, она имела видных членов при дворе и уже успела окружить великого князя сетью таких влияний, что он был против всякой борьбы с еретиками. Но соборы 1498 и 1504 справились со всеми противодействиями. Митр. Зосима принужден был отречься от своего сана, а придворные сторонники ереси потерпели жестокую казнь. Конечно, православный дух не может одобрить этих казней, но я указываю лишь на огромную силу соборов. Она очень наглядно показала себя и при Михаиле Феодоровиче, когда собор созван был в связи с вопросом о том, требуется ли перекрещивать жениха царевны Ирины Михайловны, королевича Вальдемара. Царь крайне желал этого брака по причинам и личным, и политическим. Королевич же Вальдемар никак не хотел принять перекрещивания, которого требовали православные. При дворе была партия, убеждавшая царя в том, что нет необходимости крещения, так как оно у латинян вполне действительно. Но собор решил иначе, и царь счел необходимым покориться, как ни тяжко было ему отказаться от Вальдемара.
Вообще соборы представляли вполне реально высшую церковную власть, и государственная власть искренне это признавала, сама обращаясь к соборам при всяких недоразумениях.
Управительная власть Церкви, митрополиты и патриархи - пользуясь огромною силою, находились в самом тесном союзе с царской властью.
Трудно подвести итог той пользы, которую это давало верховной власти. Митрополиты издревле старались прекращать удельные распри. В 1270 митр. Кирилл писал ссорящимся князьям: "Мне поручил Бог архиепископию в Русской земле, а вам должно слушать Бога и меня. Не проливайте крови". И распря была действительно прекращена. Когда Борис отнял Нижний Новгород у Димитрия Суздальского, митр. Алексей послал в Нижний прп. Сергия уговорить князя возвратить похищенное, и Борис смирился. Митрополиты, как известно, особенно поддерживали московского князя и старались все русские области стянуть к Москве; они же всячески поощряли московских великих князей к свержению татарского ига. "Случаев, когда митрополиты являлись советниками и помощниками великого князя, было очень много, - говорит проф. А.П. Доброклонский. Митр. Алексей, которому поручено было умирающим кн. Симеоном руководительство юными его братьями, был главным руководителем Ивана Ивановича, а потом Дмитрия Ивановича, в малолетстве же его он стоял во главе боярской думы. Митр. Даниил при Василии Ивановиче пользовался его неизменным расположением".
Митр. Макарий при Иване Васильевиче Грозном имел большое влияние на государственную жизнь и на самого царя. К нему прибегал царь, когда нужно было защитить Воронцова от Шуйских. У Макария же царь спрашивал совета по поводу вступления своего в брак. Перед ним дал обет исправиться после пожара 1547. Отправляясь в поход против Казани, он просил благословения у Макария и в походе поддерживал с ним переписку. На время удаления из Москвы царь оставлял государство и семью на попечение митрополита. Зная силу митрополита у царя, литовские послы обращались неоднократно к его посредничеству и т.д.
Без сомнения, со своей стороны царь имел огромное влияние на дела церковные, но это нельзя рассматривать как явление ненормальное. Напротив: идея союза между государством и церковью естественно требует не какого-либо одностороннего, но взаимного влияния. Особенно это относится к царской власти, так как царь является представителем мирян при высшем церковном управлении, в котором миряне имеют свою совершенно законную необходимую долю. Правда, у нас бывали случаи насильственного сведения митрополитов и их заточения. Но и это совершенно понятно при борьбе партий, если митрополиты, по необходимости или по неосторожности и властолюбию, в нее вмешиваются.