Преосвященный Феофан был выбран почетным попечителем братства. Он руководил ходом всех его дел, воодушевляя его деятелей письмами, способствовал умножению финансового фонда денежными пожертвованиями и послал туда из архиерейского дома миссионера Иоанна Успенского, опытного в борьбе с расколом. Благодаря всем этим мерам Богоявленское братство в Мстере скоро стало приносить ощутимые плоды.
Однако предметом самых усердных забот, истинно отеческих попечений епископа Феофана явились церковноприходские школы и духовно–учебные заведения епархии. Он закончил начатую его предшественником, епископом Иустином, постройку общежития для учеников Владимирской духовной семинарии, освятил и открыл его в первый год своего пребывания во Владимире.
Общежитие это вмещало 150 учеников; кроме того, здесь были помещения для ректора, инспектора, эконома, а также для правления, библиотеки и больницы. Открытие общежития для семинарии имело в учебно–экономическом отношении большое значение. Здесь ученики находились под постоянным надзором и руководством со стороны начальства и учителей, пользовались более чистым и удобным помещением, получали несравненно лучший стол, чем на семинарских квартирах.
До прибытия епископа Феофана во Владимире не было училища для девиц духовного сословия. Сознавая его необходимость, преосвященный Феофан так же, как и в Тамбове, стал ревностно заботиться об его устройстве. В начале 1865 года его ходатайство было удовлетворено Святейшим Синодом, и состоялось открытие училища и освящение церкви в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, которое совершил сам епископ Феофан.
«Девичью бурсу открыли, — писал владыка, — церковку освятили, и красавицы мои блаженствуют. А уж начальница, что за чудо! Как у ней идет все ловко, умно, матерински, экономично. Не нарадуюсь. Красавиц с 20. Как они сначала дики были и как теперь привыкли. Рады–рады, когда приедешь к ним» [134, с. 57].
По истечении первого полугодия со временеми открытия училища архипастырь самолично произвел экзамен по всем пройденным предметам в присутствии членов училищного совета и наставников училища, хотя этот экзамен не имел публичного характера.
При преосвященном Феофане возросло строительство, ремонт и благоукрашение храмов епархии. Его личными заботами был устроен храм во имя Рождества Христова при· Владимирском архиерейском доме вместо прежнего, пришедшего в ветхость. Благодаря его стараниям и усердию попечителей Крестовая церковь была заново переделана и стала много обширнее и светлее. С начала 1865 года по ходатайству епископа Феофана стали выходить «Владимирские епархиальные ведомости».
Непродолжительно было служение епископа Феофана во Владимире, но и здесь он проявил себя ревностным архипастырем и успел заслужить всеобщее уважение и любовь. За усердную и плодотворную архипастырскую деятельность во благо Святой Церкви 19 апреля 1864 года епископ Феофан был награжден орденом Анны 1–й степени.
Обыденная жизнь преосвященного Феофана во Владимире и его отношение к подчиненному духовенству и мирянам были такими же, как и в Тамбове. Преосвященный Феофан жил, как истинный архиерей Божий, хорошо помня богомудрое апостольское слово Павлово, «не высокомудрствующе, но смиренно ведущеся» (Рим. 12, 16). Идя к нему для какого‑либо объяснения, всякий мог быть уверен, что ни одного жестокого, а, тем более, грубого или заносчивого слова не позволит себе этот мудрый святитель. Принимал он свободно всех и каждого, не уклонялся от людей, приходивших к нему.
И несмотря на это, все заметнее проявляется в характере святителя тяготение к уединению, самоуглублению, «внутрьпребыванию», непреодолимое стремление к вершинам духовной жизни. Он желал уединения, покоя и тишины только для того, чтобы предаться трудам духовного писательства и тем послужить Святой Церкви и спасению ближних. Всему этому препятствовала обширная практическая деятельность. В качестве епархиального архиерея он обязан был заниматься и такими делами, которые были чужды его характеру и которые часто нарушали его высокое духовное настроение, доставляли скорбь его любвеобильному сердцу. Свое внутреннее состояние он выразил в одном из писем: «В делах никакой трудности не вижу, только душа к ним не лежит. В свободное время сложа руки я не сижу — минуты даром не проходит. Занимаюсь тем, к чему душа лежит. Но беспрестанные отрывы не дают сделать ничего из того, что хотелось бы сделать. Исполнение сего ожидается от обители, и все потребное к тому заготовлено в широких размерах. Нет предмета, для обзора которого я не нашел бы источников под руками» [139, с. 11].