Наиболее ярко смог проявить себя инок Филарет, в марте 1809 года посвященный в сан иеромонаха: он последовательно занимает должности преподавателя и инспектора Семинарии, преподавателя и ректора Духовной Академии.
С огромным напряжением трудится иеромонах Филарет. Ему необходимо читать учащимся курсы, по которым отсутствуют учебные пособия, поэтому приходится самому составлять их на основе святоотеческих трудов и с учетом развития европейской богословской мысли. Много времени отнимают административные обязанности, немало духовных сил уходит и на отстаивание чисто православного направления в обучении студентов Академии.
Небывало ярко в те годы вспыхивает талант Филарета-проповедника. Произнесенные им в Троицком соборе Александро-Невской лавры проповеди в праздник Пасхи и в день Пятидесятницы в 1811 году привлекли к будущему Святителю всеобщее внимание, а Слова на кончину графа Строганова и на погребение фельдмаршала Кутузова сделали его знаменитым.
В июле 1811 года иеромонах Филарет возведен в сан архимандрита, высочайше пожалован наперсным крестом с драгоценными камнями, в марте 1812 года определен настоятелем первоклассного Новгородского Юрьевского монастыря, в июне 1813 года награжден высоким орденом святого равноапостольного великого князя Владимира 2-й степени, в августе 1814 года наименован доктором православного богословия. Слава и почести человеческие неизбежно влекут за собой искушения, не миновали они и архимандрита Филарета.
В 1812 году в Петербурге по воле государя Александра Павловича создается Библейское общество, целью которого было распространение Священного Писания. Россия, только что пережившая наполеоновское нашествие и спасенная от катастрофы волею Божиею и героическим сопротивлением народа, особенно потянулась к Божественным глаголам истины. И государь, полагая необходимым доставить каждому россиянину возможность читать Священное Писание и сознавая затруднительность понимания церковнославянского перевода, распорядился перевести Библию на русский язык. (Учитывалось при этом, что ранее Кирилл, патриарх Константинопольский, благословил греческому народу чтение Священного Писания на современном греческом языке.)
В 1816 году архимандрит Филарет стал «душой переводного комитета». Он взял на себя перевод самого богословски трудного Евангелия – Евангелия от Иоанна.
Впрочем, работа над русской Библией была далеко не единственным, хотя и весьма важным служением святителя Филарета. Выдающиеся способности помогали ему быстро продвигаться по церковно-иерархической лестнице: в июле 1817 года он был возведен в сан епископа Ревельского, в августе 1819 года – архиепископа Тверского, в сентябре 1820 года – архиепископа Ярославского, а 3 июля 1821 года высочайшим указом ему повелено быть архиепископом Московским и Свято-Троицкой Сергиевой Лавры священноархимандритом. Сам Святитель не искал архиерейства и начальствования, но послушно нес этот тяжкий крест.
Тем временем Четвероевангелие с параллельными церковнославянским и русским текстами в 1819 году было наконец-то издано (а весь Новый Завет, на русском языке, – в 1823 году). Перевод Писания на русский язык вызвал восторженный отклик со стороны мирян и духовенства. Казалось, Библейское общество удовлетворяло существенным нуждам народа и приносило ощутительную пользу. Однако под прикрытием Общества и при покровительстве его председателя, обер-прокурора Святейшего Синода князя А.Н. Голицына, человека искренне верующего, но духовно неопытного и богословски не искушенного, в Петербурге и по всей России стали распространяться идеи умозрительного мистицизма и даже активизировались некоторые секты (при этом предпринимались попытки принизить Православие до уровня элемента некоей «вселенской веры»).
В борьбе против этой реальной угрозы страстные ревнители веры использовали не только открытый протест, но и внутридворцовые интриги, политиканство. Они добились своего: деятельность Библейского общества была пресечена, работы по переводу Библии на русский язык прекратились, князь Голицын снят с поста главы церковного ведомства. Удар был нанесен и лично по святителю Филарету: был запрещен составленный им Катехизис и приостановлено распространение его проповедей, которые сочли «неправославными».