Осенью 1918 года комиссар здравоохранения И.И. Орлов пригласил ведущих врачей Ташкента: В.Ф. Войно-Ясенецкого, М.И. Слонима и А.Д. Грекова обсудить проблему медицинских кадров. На огромной территории Туркестана насчитывалось всего двести пятьдесят врачей. Профессор Войно-Ясенецкий, несмотря на свою загруженность в городской больнице, взял на себя новое дело – организацию в Ташкенте среднемедицинской школы. Он стал читать там курс анатомии, и уже через год школа была преобразована в первый курс медицинского факультета. Осенью 1920 года по инициативе профессора Войно-Ясенецкого открылся Ташкентский университет. «Большинство кафедр было замещено избранными из числа ташкентских докторов медицины, и только я один был почему-то избран в Москве на кафедру топографической анатомии и оперативной хирургии», – с удивительной скромностью писал он об этом.
Арест в 1923 году не остановил его работу над «Очерками гнойной хирургии», начальник Ташкентской тюрьмы разрешил будущему святителю по вечерам работать в своем кабинете. Здесь он завершил свой труд и поставил на титульном листе: «Епископ Лука. Профессор Войно-Ясенецкий. Очерки гнойной хирургии». Так «удивительно сбылось таинственное и непонятное мне Божие предсказание об этой книге, которое я получил еще в Переславле-Залесском несколько лет назад». Книга вышла только в 1934 году, и имя епископа советское издательство ставить на ней отказалось. Позднее она выдержала еще три издания и до сих пор является эталонным руководством по хирургии, образцом ясного, блестящего слога и глубоких мыслей.
Мысль о внедрении идей и методов, изложенных в этой книге, никогда не оставляла епископа Луку. Он переживал, что его могучий ум, удивительные способности находились без применения, в то время как он мог помочь своим искусством и знаниями многим людям. 30 августа из тюремной больницы он написал письмо главе Советского правительства А.И. Рыкову, убеждая его в необходимости предоставить ему возможность научной работы и медицинской практики. В нем были такие строки: «Я хотел бы всецело отдаться разработке гнойной хирургии, и моя давнишняя мечта – создание специальной клиники гнойной хирургии. Такой клиники нет еще нигде на Западе, и хорошо было бы, если бы она впервые возникла в СССР».
Обращение святителя Луки во все инстанции – от следователя ОГПУ до председателя Совета Министров СССР – было безрезультатным. Он не получил ни одного ответа.
Позднее, из архангельской ссылки, он отправил наркому здравоохранения Владимирскому письмо с просьбой предоставить ему возможность заняться в специальном исследовательском институте разработкой гнойной хирургии. Заместитель наркома, которого он пытался убедить в организации специального научно-исследовательского института гнойной хирургии, обещал поговорить с директором Института экспериментальной медицины Федоровым. Однако Федоров отказался предоставить епископу заведование научно-исследовательским институтом.
Профессор В.Ф. Войно-Ясенецкий вернулся к научной работе лишь в Красноярске. В военном госпитале, в тяжелейших условиях, он по ночам работал над новыми главами «Очерков гнойной хирургии». Он был несказанно удивлен и обрадован, когда ему разрешили поехать в Томск для работы в большой библиотеке медицинского факультета. «Можно думать, что это было результатом посланной мной из ташкентской тюрьмы маршалу Клименту Ворошилову просьбы дать мне возможность закончить свою работу по гнойной хирургии, очень необходимую для военно-полевой хирургии… За два месяца я успел перечитать всю новейшую литературу по гнойной хирургии на немецком, французском и английском языках и сделал большие выписки из нее». Даже после стольких лет гонений, изнурительного труда, полуголодного существования и немыслимых препятствий научная работа доставляла ему огромное удовольствие.
В 1942 году ему стали выдавать обед, завтрак и ужин с общей кухни, заботиться об улучшении условий его работы. Разрешили сделать доклад в Иркутске на межобластном совещании главных хирургов, где ему «устроили настоящий триумф». «Мнение обо мне в правящих кругах самое лучшее и доверие полное. Слава Богу!» – писал святитель сыну Михаилу. В это время он сделал ряд новых открытий, в том числе касающихся операций на суставах, очень актуальных для раненых. Его операции, лекции, доклады на конференциях высоко ценили врачи, доценты и профессора. «Почет мне большой: когда вхожу в большие собрания служащих или командиров, все встают».
24—29 марта 1943 года архиепископ Лука снова участвовал в научном форуме, на конференции военных хирургов в Новосибирске его доклад завершился бурными аплодисментами. Он писал сыну Михаилу 29 марта 1943 года: «…назвали доклад не только глубоким, но даже мудрым».
Срок сибирской ссылки официально закончился в июле 1942 года, но фактически продолжался до конца 1943-го.