В благодарность угоднику Божию за благодатное посещение им столицы царь Иоанн Васильевич Грозный обновил оклад его образа, заменив прежний старый своим новым богатым, и, кроме того, приложены были к образу богатые шитые шелком, золотом, серебром и жемчугом пелены от царя и царицы Анастасии с детьми их. Украсив щедро образ, царь так же торжественно, как встретил, и отпустил его 25 августа 1556 года. «Сами царь и царица проводили его до Пречистые до Ям, и тут обедню слушали. А князь Юрий Васильевич провожал до Ростокина. И отпущен образ на Устюг». Отсюда же до самой Вятки по повелению царя сопровождали образ протопоп Московского Вознесенского монастыря Димитрий со священниками и диаконами. В Вятку из этого путешествия образ вернулся не ранее 1557 года. В течение этого времени посланное из Москвы духовенство снова было свидетелем множества чудес, совершенных святителем от его образа на всем пути его шествования.
По возвращении в Хлынов, образ продолжал творить множество исцелений на месте, в Вятском соборе, и во время путешествия его по Вятскому краю. Уцелевшие соборные записи этого времени содержат описание множества их, начиная с 1557 по 1711 год включительно, по нескольку чудес почти за каждый год. Исцеленные болезни были самые разнообразные: «расслабления в руках, ногах, во всем теле, головная боль, немота, слепота, беснование, корчи, икота, больше всего слепота. Они явлены были жителям самых разнообразных мест, можно сказать всего Велико-Пермского края: городов Хлынова, Слободского, Орлова, Котельнича, Шестакова, Устюга, Соликамска; станов: Березовского, Бобинского, Волковского, Спенцынского; приходов: Архангельского, Верхокамья, Великой Перми», и т. д. Спасал святитель разных людей по молитвам их: и старых, и молодых, и детей, и бедных, и богатых, и простых, и знатных, и иноков, и иереев, и клириков, и воевод, и бояр.
В 1711 году Чудотворец исцелил от болезни ног вятского воеводу, стольника царского величества Герасима Дмитриева Плещеева. В другом месте рукописи рассказывается о преподобном Трифоне Вятском следующее: «1563 г. марта в одиннадцатый день пришел в соборную церковь помолиться строитель Вятского Успенского монастыря, старец Трифон, три дня не видевший глазами. Он велел совершить молебен великому святителю и чудотворцу Николаю пред чудотворным его Великорецким образом. Когда совершили молебное пение, он в тот же час прозрел своими глазами. Впоследствии он был архимандритом той святой обители, пожил богоугодно и в старости маститой преставился в вечные обители». Всех исцелений, только за годы с 1557 по 1614, до второго путешествия в Москву, как было записано в рукописи, хранившейся при Вятском кафедральном соборе — сто сорок три.
Первый государь из дома Романовых, скоро после своего утверждения на Всероссийском престоле, в 1614 году, благодарный Господу и покровителям земли русской — угодникам Божиим за дивные пути промышления и помощь небесную при избрании его на царство, снова «восхоте со всежеланием... той пречестный образ великого чудотворца Николая в царствующем граде Москве видети, и чудотворному образу поклонитися, и молебная ему пения совершити». Снова должна была расставаться со своим сокровищем Вятская сторона. Как бы на прощанье перед вторичной временной разлукой святитель совершил следующее чудо. «В это время, повествует рукопись, некоторый человек, по имени Агафоник, Анисимов сын, шесть недель лежавший в расслаблении, услышал, что с чудотворным Великорецким образом святителя Николая отправляются с Вятки в Москву. Он велел родителям своим вести его в соборную церковь помолиться пред чудотворным образом, чтобы получить исцеление от своей болезни. Когда больного привели в соборную церковь св. Николая, он велел приложить себя к чудотворному его образу. Лишь только приложили его, он тотчас же получил исцеление». Пред «тьмочисленным народом» произошло это чудесное исцеление, и весь священный чин и все люди, мужи и жены с младенцами, возблагодарив Господа и Его чудотворца торжественным молебствием, отпустили образ в Москву в 1614 году. Снова началось торжественное шествие образа тем же путем, по рекам Каме и Волге, до столицы. Так как записи о чудесах образа этого времени уцелели, то мы узнаем теперь подробно о множестве исцелений от иконы святителя почти во всех лежащих на пути его селах и городах: Рыбной слободе, в Казани, в Чебоксарах, Василе и Нижнем Новгороде, пока не достигла она Москвы.