Остановим свое внимание прежде всего на главном храме имени Угодника. Это — Богоявленский «морской» Николаевский собор. Богоявленским он называется потому, что главный алтарь верхнего этажа его освящен в честь праздника святого Богоявления, но главный престол его в нижней церкви посвящен святителю Николаю. Кроме того, он еще называется «морским» или «святого Николы морского». Обратим наше внимание на это сочетание названий храма — «морской Николаевский». Оно вовсе не случайное. Известно, что святитель Николай считается и чествуется как особый покровитель всех плавающих по водам. Из жития Угодника мы видим, что множество благодеяний святителя, оказанных им людям во время мореплавания и при жизни его, и еще больше по смерти, дает полное основание для этого чествования. Поэтому и наши моряки искони чествуют Угодника как своего защитника, и весь русский флот считает его особенным своим покровителем. В тридцатых годах XVIII века морские служащие первого русского флота в местности, прилегающей к нынешнему собору, на левом берегу Мойки, образовали особое поселение. Когда для их религиозных нужд была построена у Синего моста сначала — в 1730 году часовня, а летом — в 1733 году походная полотняная церковь, то и часовня эта, и церковь были посвящены имени святителя Николая, заступника утопающих. В 1743 году эта полотняная церковь была заменена постоянной деревянной, существовавшей до 1761 года, времени окончания нынешнего собора. В 1753 году заложен, по указу императрицы Елизаветы, нынешний каменный храм. Так как жители окружающей храм местности были исключительно моряки высших и низших чинов, то поэтому и новый каменный храм строился под наблюдением Адмиралтейской Коллегии и для адмиралтейских морских служителей. Почти всеми работами заведовал состоявший при адмиралтействе архитектор Чевакинский (ученик Растрелли), и под его-то руководством собор был воздвигнут необычайно прочно, роскошно и красиво, в стиле Возрождения, замечательно напоминающем все постройки Растрелли. В 1760 году был освящен главный престол святителю Николаю (вместе с приделом Иоанна Предтечи), а в 1762 году — верхний престол в честь святого Богоявления (вместе с другим приделом святителя Димитрия Ростовского). На этом последнем освящении присутствовала сама императрица Екатерина II и тогда же повелела именоваться новому храму собором. Так возник «морской Николаевский собор» и так объясняется его название.
Один из великолепнейших храмов города, в первое время уступавший в великолепии только Воскресенскому собору, сначала военный морской — он указывает собой начало морского величия России под покровом великого святителя, потому что, несомненно, и здесь, как и во всем, наше отечество обязано всем благословению Божию и предстательству святых угодников. С этим сознанием, очевидно, строился этот великолепный храм. Побуждаемая сознанием этого императрица прибыла на торжество освящения его и возвеличила его. То же общее русское православное сознание побуждало и впоследствии все успехи русского флота, прежде всего, и торжественнее всего ознаменовывать в этом храме благодарением Богу, Его Матери и Его великому Угоднику. Так, в 1770 году, дважды — 28 мая и 14 сентября, — в присутствии императрицы, столица благодарственным молебном в этом соборе радостно торжествовала победы своего молодого флота: 28 мая — пленение им морского флота нескольких городов в Морее, а 14 сентября — истребление им всего турецкого флота при Чесме 24 июля. Поэтому же, наконец, в этом же соборе покровителя русского флота установлено торжественное благодарственное молебствие по поводу этой последней победы 24 июля, и при этом указом 1777 года высочайше повелено к обычному царскому многолетию прибавлять возглашение вечной памяти государю императору Петру I, как «основателю русского флота и виновнику морских побед».
В храме хранится великое множество святынь: старинные иконы византийской традиции, частицы мощей святых, среди которых и частица мощей святителя Николая.
В советские годы собор не закрывался, а с 1941 по 1999 годы был кафедральным.
Особенно почиталась в прошлые времена населением тогдашней столицы, преимущественно лицами, готовящимися к супружескому союзу, икона святителя Николая, так называемого «обручника», в Троицко-Петровском соборе на Петербургской стороне. И название это, и особенное благоговение к ней, главным образом, лиц бракосочетающихся объясняется тем, вероятно, что святитель на ней изображен внутри обручального кольца (или, выражаясь точнее, ободка в виде кольца). Образ помещался в соборе с правой стороны у правого клироса, меж дверью и окном, в особом позлащенном киоте, на возвышении, и был украшен серебряной ризой с позлащенным венцом и изображениями по углам Иоанна Воина, Обретения главы Иоанна Предтечи, святой Анны пророчицы и преподобной Феодосии.
Чудотворные и чтимые иконы святителя Николая находились также в Преображенском Соборе и других храмах второй столицы России. К сожалению, на сегодняшний день большая часть святынь утрачена.