Однажды патриарх, беседуя с ближайшими советниками, заявил, что не хочет учреждать в Москве патриаршество, «а если бы и хотел, то сам остаться (здесь. —
Принимая решение перенести свою кафедру в Москву, патриарх руководствовался не только соображениями личного благополучия, но и более существенными политическими целями. Византийская церковь не оставляла надежд на избавление своего народа от турецкого ига. Знаменитый Максим Грек связывал грядущее освобождение родины с борьбой России против Турции. В письмах к Василию III он выражал надежду на то, что православная Русь поможет возрождению «нового Рима» — Византийского царства и «от отеческих твоих престол наследника покажет и свободы свет тобою да подаст нам, бедным». Подобно Максиму, патриарх Иеремия также рассчитывал на помощь Москвы в деле освобождения Греции от турок. Но он и его спутники избегали огласки переговоров, связанных с внешнеполитическими целями, боясь мести со стороны турок.
Одновременно с Иеремией в Москву прибыл английский посол Джильс Флетчер. Ему стоило большого труда разузнать о секретных переговорах Иеремии. Записки Флетчера подтверждают, что Иеремия сам предложил царю перенести патриарший престол из Константинополя в Москву. Грек подкрепил свое решение следующими доводами: во-первых, престол патриарший находится под властью турок — врагов веры, почему и следует перенести его в какое-нибудь другое государство, исповедующее христианскую веру; во-вторых, русская церковь остается единственной законной дщерью церкви греческой, следуя одному с ней учению и одинаковым обрядам, между тем как прочие единоверцы подчинились туркам и отступились от истинной религии. В определенной мере решение патриарха было связано с надеждами на создание в Европе мощной антитурецкой лиги, способной освободить Византию от ига. По словам Флетчера, Иеремия приехал в Россию, чтобы способствовать заключению союза между царем и испанскими Габсбургами, которые могли оказать наибольшую помощь в борьбе с турками. К участию в лиге предполагалось привлечь также австрийских Габсбургов. Слухи об объединении католических сил не на шутку пугали английского посла, и он, по всей видимости, преувеличивал возможности такой коалиции. Накануне похода непобедимой Армады к берегам протестантской Англии ее дипломатам повсюду чудились интриги и козни папской курии. По утверждению Флетчера, Иеремия якобы готов был подчиниться папе римскому, а в дальнейшем подчинить его власти также и русскую церковь. Подозрения такого рода были конечно же неосновательны. Греческие патриоты не теряли надежды на то, что с помощью антитурецкой лиги им удастся освободить Византию от иноземных поработителей. Лига, включавшая Испанию, Австрию, Московию, Иран и Грузию, должна была организовать одновременное нападение на Османскую империю, с тем чтобы изгнать турок из Константинополя. Перенесение престола в Москву, вероятно, казалось Иеремии средством к тому, чтобы приблизить эту отдаленную цель.
Как только московским властям стало известно о намерениях патриарха, они пустили в ход дипломатическую уловку. Через приставов и других малозначительных лиц Иеремии постарались внушить уверенность в том, что в Москве его ждет блестящее будущее. «Владыко, — заявляли московиты, — если бы ты захотел и остался здесь, мы бы имели тебя своим патриархом». Но, заключает свой рассказ Дорофей, подобные заявления исходили не от царя и бояр, а лишь от приставов, стороживших патриарха. Иеремия попал в расставленную ему ловушку, и, не ожидая официального приглашения, объявил приставам: «Остаюсь!» Тайная дипломатия увенчалась успехом, с этого момента переговоры получили официальный характер и стали фиксироваться в документах Посольского приказа. Перед Боярской думой была зачитана «царская речь», из которой следовало, что Федор давно замыслил иметь в своем государстве патриарха, того, кого бог благоволит: «Будет похочет быть в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте в Володимире, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет… быти в Володимире, ино б на Москве учинити патриарха из московского собору».