Московский кружок еретиков отличался по своему составу от новгородского. Но едва ли можно согласиться с Я. С. Лурье, что первый в отличие от второго был светским. В составленном Саниным перечне еретиков Новгорода по крайней мере треть — светские лица, среди них боярин Г. Тучин, Гридя Клочь, Лаврет, Мишук Собака, Юрка Долгова, Евдоким Люлиш, Самсонка, Васюк Сухой. В свою очередь, весьма видную роль в московском кружке еретиков играли протопоп Алексей и поп Денис, перебравшиеся из Новгорода в столицу. По словам Санина, к числу еретиков принадлежал новый глава церкви Зосима. Судьба новгородских и московских еретиков после процесса 1490 года была неодинакова, но это зависело не от различия в их идеологических позициях.
Московские власти не доверяли крамольному Новгороду, что и помогло архиепископу Геннадию обрушить гонения на местных вольнодумцев. В Москве ему удалось разделаться с Денисом — выходцем из Новгорода. Спасаясь от преследований, еретик Ивашка Черный — переписчик книг — бежал за рубеж вместе с московским купцом Зубовым. Таким образом, среди москвичей пострадала лишь мелкая сошка. Служба великому князю надежно укрыла от преследований церкви прочих москвичей — близкого к Ивану III дьяка Федора Курицына, сына боярского Митю Коноплева и других. Ересь свила себе гнездо при дворе наследника Ивана Ивановича. Жена наследника, по утверждению ортодоксов, сама исповедовала еретические взгляду. Иван Иванович в 1488–1490 годах еще был жив, так что всякие попытки привлечения к суду московских еретиков грозили бросить тень на великокняжескую семью. Своими действиями Иван III не раз давал повод ортодоксам обвинить его в попустительстве еретикам. Аналогичные обвинения были предъявлены митрополиту Зосиме.
Среди святителей XV века Зосима был одной из колоритнейших фигур. Он выступил как провозвестник нарождавшегося самодержавия. В «Изложении пасхалии», написанном после собора 1490 года, Зосима сравнивал самодержца Ивана III с другим столпом православия — византийским императором Константином и обосновывал мысль о том, что Москва превратилась в новый Константинополь. (Позднее эта идея легла в основу знаменитой теории «Москва — третий Рим».) Прославил бог царя Константина, писал Зосима, а теперь «сродника его, иже в православии просиавшего, благоверного и христолюбивого великого князя Ивана Васильевича, государя и самодержца всея Руси, нового царя Констянтина новому граду Констянтину (Константинополю. —
В Новгороде в ереси были обвинены лица, деятельно выступавшие на стороне Москвы. В Москве вольнодумцы и еретики выступали как апологеты грядущего самодержавия. Готовя суд над еретиками, Геннадий представил собору пыточные речи, компрометировавшие дьяка Курицына и других москвичей. Зосима не допустил суда над дьяком и другими московскими еретиками, за что вскоре сам подвергся подлинной травле.
Нифонт, епископ Суздальский, занял самую непримиримую позицию по отношению к еретикам. Именно поэтому собор 1490 года постановил послать в заточение к нему главного еретика Захария. После собора Иосиф Санин обратился к своему единомышленнику Нифонту с крайне резким обличительным посланием против Зосимы. Монастырь Санина находился в Волоколамске, на территории удельного княжества, и был подведомствен новгородскому владыке Геннадию. Поэтому Иосиф не опасался кары со стороны Ивана III и московского митрополита. Послание Иосифа показывает, что разногласия в церковном руководстве достигли после собора неслыханной остроты.
Иосиф без обиняков объявил Нифонту, что ныне на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в светителях в нашей земли», «иже сына божия попра и пречистую богородицю похули… и икону господа нашего Иисуса Христа и пречистыа его матере… болваны нарицая… и всех святых писаниа отмеще: „Нет, деи, втораго пришествиа Христова, нет деи, царства небеснаго святым! Умер, деи, ин, что умер, — по та места и был“». Слова о «втором пришествии» позволяют точно датировать речь Зосимы. Православные богословы утверждали, что мир, сотворенный богом в семь дней, погибнет через семь тысяч лет, после чего настанет второе пришествие Христово.