Задавшись целью покончить с «нестроениями» церкви, Вассиан Патрикеев взялся за составление новой Кормчей — собрания церковных правил и законов. Результатом его многолетних трудов явились три редакции Кормчей. При работе над сборником Вассиан, как показал историк А. И. Плигузов, проявил редкое новаторство: окончательный вариант его сборника далеко отстоит от современных ему Кормчих традиционного вида, статьи подобраны по тематическим группам, что помогло автору преодолеть разрозненный и порой противоречивый характер канонов, синопсисов, схолий и превратить весь труд в огромный канонический трактат. Важнейшими темами занятий Вассиана были такие темы, как содержание монастырских сел, владельческие права церквей, сведение епископов с кафедры, прием кающихся еретиков, пасхальные споры, литургика, поведение прихожан в церкви, пострижение рабов.
Митрополит Варлаам и священный собор, благословляя Вассиана на труд, поставили условием, чтобы он из Кормчей «ничего не выставливал», то есть не делал произвольных сокращений. Но инок, увлеченный идеями нестяжания, не выполнил этого условия. Как считала Н. А. Казакова, он по собственному почину исключил из сборника «Градские законы» византийских императоров, «Слово 165 святых отец пятого вселенского собора, на обидящих божия церкви» и другие статьи, защищавшие незыблемость монастырского землевладения. Их место в Кормчей должен был занять трактат самого Вассиана, осуждавший монастырские стяжания.
Василий III проводил политику ограничения монастырских привилегий, и сочинения нестяжателей вполне отвечали его целям. Критика монастырских стяжаний со стороны Вассиана Патрикеева и его последователей носила вполне конкретный характер. Опровергая мнение собора 1503 года о неприкосновенности монастырского землевладения, нестяжатели рассчитывали на отмену соборных решений. В соборном докладе значилось: «Афанасий Афонский села имел, и Федор Студытский села имел…» Идеологи нестяжательства отвечали на это: «Ни Афанасий Афонский, ни Федор Студиский, ни иные прежние начальницы сел у монастырей не имели». Вопрос о землевладении афонских монастырей сравнительно рано приобрел злободневность. По представлению русского духовенства Василий III в 1515 году направил на Афон послание. В то время споры между нестяжателями и осифлянами достигли исключительной остроты. Иосиф Санин обрушился на Патрикеева с градом упреков. Князь-инок отвечал ему с горделивым сознанием своей силы: «Сие, Иосифе, на мя не лжеши, что аз великому князю у монастырей села велю отъимати и у мирских церквей».
Споры между Вассианом Патрикеевым и Иосифом Саниным длились несколько лет. Характерно, что уже в послании боярину В. Челядину, написанному в 1512 году, Иосиф сокрушенно жаловался, что вынужден терпеть «хулу и злословие» со стороны Вассиана и не может жаловаться великому князю из-за его покровительства князю-иноку.
Московские власти направили приглашение старцу Савве, жившему на Афоне едва ли не со времен путешествия туда Нила. Но Савва был стар и болен. Вместо него в Россию отправился другой афонский монах — Максим Грек. Однако в Москву Максим попал лишь в 1518 году, когда ситуация в России претерпела большие изменения.
Опыт Афона имел в глазах нестяжателей особое значение. Поэтому и Вассиан, и сам великий князь многократно обращались к Максиму с вопросом об Афоне. В ответ Грек написал в 1518–1519 годах послание Василию III об Афоне, а кроме того, составил для Вассиана «Сказание о жительстве инок Святой горы». В этих сочинениях Максим упомянул о трех видах монастырей — особножительских, общинных и скитах, но подробно охарактеризовал лишь первых два вида. Фактически Грек уклонился от обсуждения вопроса о землевладении афонских монастырей, больше всего волновавшего русское общество. Придет время, и Максим напишет об афонских монастырях: «Вси бо монастыри без имениих, рекше без сел живут, одными своими рукоделии и непрестанными труды и в поте лица своего добывают себе вся житейская». Но выступление ученого афонского монаха в защиту нестяжательства запоздало на много лет. Отмеченный факт может иметь два объяснения. Либо Максим желал остаться в стороне от споров, разделивших русскую церковь на враждующие партии, либо сами эти споры стали утрачивать свое практическое значение и остроту.