Произошло это следующим образом — в руки властей попал некий казак из войска самозванца. Под пыткой пленник оговорил московского попа Иллариона: поп якобы отвез Лжедмитрию II письмо от всех сословий столицы с приглашением в Москву, где все готовы присягнуть ему. Власти нарядили следствие. Немало «помог» донос, поступивший от холопа боярина Мстиславского. Холоп сообщил, что видел заподозренного попа в день отъезда того из Москвы в Серпухов. Показания свидетелей плохо увязывались между собой. Казак толковал о попе Илларионе, а холоп — о попе Харитоне. Но подобная мелочь не смутила следователей. При аресте у Харитона в самом деле нашли «воровские листы». Правда, они не заключали в себе никакого обращения москвичей к Лжедмитрию II. При Харитоне были грамоты, каких в то время много ходило по Москве. Самозванец писал «прелестные листы» без счета, обещая всем подряд свои милости. Хотя обнаруженные грамоты и были адресованы Гермогену, но не доказывали вину патриарха. Однако судьи нашли выход из положения, приобщив к делу признания бывшего слуги Юрия Мнишека. Слуга показал, что он «делал измену» Владиславу в компании с Лжедмитрием II и Гермогеном.
Попа Харитона несколько раз брали к пытке, пока он не сознался в преступлениях, ранее приписываемых Иллариону. Священник по подсказкам палачей покорно повторял наветы. Боярин Иван Воротынский и князь Засекин, признавался Харитон, не раз поручали ему носить изменные письма в Калугу. Василий Голицын, показывал поп, писал Лжедмитрию II, едучи в Смоленск. В заговор с «вором» вступил не только Василий, но и Андрей Голицын.
Власти обнародовали официальную версию, «раскрывавшую» планы заговора во всех деталях. Переворот якобы намечался на 19 октября 1610 года, за три часа до рассвета. Москвичи, по этой версии, вступили в сговор с серпуховским воеводой Федором Плещеевым, державшим сторону самозванца. Плещеев с казаками будто бы ждал условного сигнала. С первыми ударами колоколов мятежники должны были проникнуть через тайный подземный ход в Кремль и овладеть Водяными воротами, а затем впустить в крепость «воровские» войска. Поляков предполагалось перебить всех, кроме самых знатных, а князя Мстиславского «ограбить» и в одной рубашке привести к «вору».
Инициаторы процесса постарались убедить Мстиславского, что заговор был направлен лично против него, а заодно и против всех «лучших» столичных людей. Они объявили, что бунтовщики замыслили побить бояр, родовитых дворян и всех благонамеренных москвичей, не участвовавших в «воровском» совете, а жен и сестер убитых отдать холопам и казакам вместе со всем их имуществом.
Обвинения по адресу заговорщиков носили обычный характер. Верхи неизменно предъявляли их всем повстанцам, начиная с Болотникова. Правдой в них было лишь то, что восстание в Москве могло вспыхнуть со дня на день. Эмиссары Лжедмитрия II открыто настраивали народ против Владислава. На рыночных площадях стражники и дворяне не раз хватали таких ораторов, но толпа отбивала их силой. Гонсевскому нетрудно было заполучить сколько угодно доказательств подготовки восстания в столице. Однако ни патриарх, ни Голицын с Воротынским не имели никакого отношения к назревавшему выступлению низов. Своих казаков эти люди боялись гораздо больше, чем иноземных солдат.
Дело о заговоре патриарха и бояр едва не рухнуло, когда разбирательство перенесли с пыточного двора в помещение суда. Бояре, полковники и ротмистры собрались во дворце, чтобы выслушать важные сообщения о заговоре. Но как только началось заседание суда, главный свидетель обвинения поп Харитон отказался от своих показаний и заявил, что со страху оговорил бояр Голицыных. Признание Харитона испортило спектакль, но не заставило инициаторов процесса отказаться от своих намерений. Раскрытие мнимого заговора стало для Гонсевского удобным предлогом, чтобы ввести наемных солдат в Кремль. Отныне на карауле у кремлевских ворот вместе со стрельцами стояли немцы-наемники. Ключи от ворот были переданы смешанной комиссии из представителей семибоярщины и польского командования.
Ивану Воротынскому не удалось очиститься от обвинения, но он проявил покладистость, и после недолгого ареста его вернули в думу. Андрей Голицын доказал на суде свою невиновность. Однако он был решительным противником передачи трона Сигизмунду, и потому его изгнали из думы и заключили под стражу. Патриарха обвинили в тайной переписке с «вором». Нелепость обвинения была очевидна для всех.