В свое время новгородские еретики резко протестовали против продажи церковных должностей. Собор 1503 года строжайшим образом запретил иерархам взимать плату за поставление «всего священнического чина». Архиепископ Геннадий, славившийся сребролюбием, одобрил постановление, но не желал следовать ему в жизни. Сразу по возвращении в Новгород он «начят мъзду имати у священников от ставления наипаче первого», то есть больше прежнего. Иван III использовал благоприятный случай для расправы с Геннадием. Владыка оказал прямое неповиновение государю на соборе, грубо прекословил ему и добился отклонения проектов секуляризации. За это он должен был понести наказание. В 1504 году в Новгород приехал «Юреи Дмитрея Володимерова сын» (Юрий Грязной-Головин) и сын боярский И. Телешов с митрополичьим боярином. Посланцы Ивана III опечатали софийскую казну и 1 июня того же года увезли Геннадия в Москву. 26 июня владыка отрекся от архиепископского сана «поневоле» и был отправлен в монастырь. Там он и скончался полтора года спустя.
Суд над еретиками, которого новгородский владыка добивался много лет, состоялся, когда Геннадий томился в заточении в Чудовом монастыре. Инициатором новых гонений на еретиков выступил Иосиф Санин. Поддавшись настояниям Санина, Иван III обещал начать розыск о еретиках, но дело затянулось на год-два. Одной из причин задержки была болезнь государя. В конце 1504 года собор для суда над еретиками был наконец созван. Но вместо Ивана III на нем присутствовал его сын Василий.
В 1502–1504 годах волоцкий игумен цаписал главное сочинение своей жизни — «Сказание о новоявившейся ереси новгородских еретиков», над которым он продолжал работать и в последующие годы. Этому сочинению суждено было сыграть столь значительную роль в развитии русского богословия, что позднее почитатели таланта Санина назвали его труд «Просветителем». Иосиф начинает трактат с обоснования православного догмата о пресвятой Троице, положив в основу своих рассуждений идеи Нового завета и решительно отвергая языческое наследие. Главная цель сочинения — компрометация русского вольнодумства и искоренение ереси на Руси. В свое время митрополит Зосима отказался выполнить требование Геннадия о суде над московскими еретиками и потребовал от владыки «исповедания». Оказавшись в трудном положении, архиепископ решил одним ударом покончить со своими противниками из числа новгородцев. Не ранее 1490 года он впервые объявил, что его враги являются тайными приверженцами иудаизма и ересь все восприняли от общего вероучителя. В 1471 году, утверждал Геннадий, в Новгород приезжал литовский князь Михаил, с ним приехал некий «жидовин еретик да от того жидовина распростерлась ересь в Ноугороцкой земли…» Владыка предъявил еретикам решающее обвинение с явным запозданием. К тому же он не мог назвать по имени человека, совратившего новгородцев. Сведения о «жидовствующих» (так называли сторонников иудейской религии) носили фантастический характер. Со временем они были использованы Иосифом Саниным для дальнейшего мифотворчества. Игумен составил подробную роспись, в точности воспроизводившую порядок совращения новгородских попов. Имя главного ересиарха, неизвестное Геннадию, спустя пятнадцать лет стало ведомо Иосифу. То был некий Схария, имевший помощниками неких Иосифа Шмойло и Моисея Хануша. Ни русские летописи, ни иностранные источники не заключают в себе ни прямых, ни косвенных известий о Схарии. Можно согласиться с Я. С. Лурье, что свидетельство о Схарии является вымыслом.
Иван III держался традиционного взгляда и требовал от Санина доказательств того, что убийство еретиков не является грехом и угодно богу. Книга Иосифа с подробной росписью распространения иудаизма в России должна была избавить монарха от сомнений и колебаний. Из росписи следовало, что Схария совратил Дениса и Алексея, Алексей совратил Гавриила и Клоча, Клоч «научи Григориа Тучина жидовству» и т. д. Алексей якобы стал зваться по-еврейски Авраамом, жену «нарекоша Сарра». Но Санин не мог привести никаких доказательств исполнения еретиками иудейских обрядов и ограничился неясными намеками на то, что неким из еретиков (Ивану Черному и Игнату Зубову) удалось «отбежати и обрезатися в жидовьскую веру». Названные лица скрылись за рубежом и успели умереть лет за пятнадцать до собора 1504 года, а потому обвинения против них не поддавались проверке. Живых еретиков Санин обвинил в двурушничестве, тем самым отняв у них всякую надежду на оправдание. Перед «ведящими писание» еретики прикидывались православными, зато простых людей соблазняли «жидовством».
Иосиф не жалел красок, расписывая опасность, которую несут церкви расплодившиеся еретики. Он писал, что ныне «еретиков умножилось по всем городам, а християнъство православное гинет от их ересей». Однако поименно Санин мог назвать лишь очень немногих лиц, уцелевших от расправ в 1490 году.