В Николаеве было местопребывание Главного командира Черноморского флота и правление. Два корабельных стапеля оставались праздными; в адмиралтействе не производились никакие особенные работы; оно, со всеми магазинами, расположено было против стапелей, построено из местной плиты, и все здания его покрыты дранью. В городе имелось до 75 казенных домов, в которых помещались члены правления, экспедиции и флотские офицеры, нижние чины занимали одноэтажные каменные казармы. В Николаевском мореплавательном училище находилось 160 детей, большей частью офицерских, также из греков и малороссиян; в нем преподавались: математика, навигация, греческий и французский языки, и были «прочие нужные классы, но без дальних успехов». Воспитанники имели мундир, «сообразно кадетам Морского кадетского корпуса». На содержание училища определялось 42 509 руб. в год, из экстраординарной суммы.
Контр-адмирал Пустошкин, приняв начальство над Одесским портом, имел высочайшее повеление докончить постройки портовых строений, состоявших из казарм, госпиталя, магазинов, мастерских, и обнесения гавани малой для покойного и безопасного помещения судов. Все эти работы деятельно тогда продолжались; при порте находилось до 30 канонирских лодок и 10 других боевых судов.
В Керчи имелось небольшое адмиралтейство, при котором состояло всех чинов 168, помещенных в казармах, и пять канонерских судов. В Новопавловске судостроение прекратилось с 1779 года, а в Новохоперске – с 1789-го, и все материалы перевезены были в Таганрог. В обоих местах этих имелись небольшие команды, из 20 человек, для присмотра за разрушившимися казенными строениями, деревянными и ветхими, состоявшими из трех эллингов, магазинов, чертежной, кузницы, угольных сараев, смольни и лазарета.
На верфях у Рогожских хуторов и Гнилой Топи большие суда строились только до 1785 года, а в Таганроге – до 1791-го, потому что мелководья устьев Дона представляли значительные затруднения при проводке на камелях; но в местах этих был главный склад железных вещей, якорей и разных сортов железа, доставляемых для флота с Камского завода, которые отсюда отправлялись в другие черноморские порты по мере надобности.
Кроме того, в магазинах таганрогских хранилось много парусины и полотен; но все адмиралтейские строения, офицерские и служительские казармы и пр. приходили также в упадок, ветшая без починки; всех разного звания флотских чинов при этом порте состояло до 1350. На Екатеринославском литейном заводе, строившемся тогда под распоряжением статского советника Гаскойна на р. Луганке, предполагалось отливать новые орудия для флота и доставлять их через Таганрог.
В продолжение пребывания своего начальником Севастопольского порта Ушаков почти ежегодно выходил в море с эскадрой для практического ее обучения. В 1796 году он делал испытания над двумя новыми 74-пушечными кораблями «Захарий и Елисавета» и «Св. Петр», построенными обер-саарваером Катасановым в Херсоне и имевшими сплошной верхний дек, т. е. «у которых шканцы с баком соединены палубой».
Такое устройство было тогда нововведением в русском кораблестроении, но Ушаков находил его неудобным, потому что во время боя дым из палубы имел не столь просторный выход, гребные суда размещались невыгодно и запасный рангоут, от помещения наверху, стеснял шкафуты, не позволяя людям свободно работать; кроме того, оба корабля эти оказались «надмеру валки». Замечания свои, подкрепленные мнениями многих корабельных капитанов, он представил на усмотрение Адмиралтейств-коллегии, и, вследствие этого, 17 мая 1797 года последовало высочайшее повеление: изготовить в Черном море эскадру из пяти кораблей и двух фрегатов под начальством вице-адмирала Ушакова, которому предписать в течение кампании того года «учинить на самой практике о тех двух кораблях замечания, и в чем найдет их преимущественными или недостаточными, неукоснительно рапортовать».
Ушаков плавал между Севастополем и Одессой с 1 июня по 3 августа, делая разные испытания кораблям под парусами, заставившие его остаться при прежнем своем мнении относительно чрезвычайной валкости «Св. Петра» и «Захария и Елисаветы». Озабоченная этим Адмиралтейств-коллегия предписала Главному командиру адмиралу Мордвинову сделать вторичные опыты в своем присутствии и вместе с тем потребовала от Черноморского правления объяснения, «почему при рассмотрении чертежа, по коему те корабли построены, не предусмотрено было столь важных недостатков, и не только тогда сделано упущение, но и после по тому же чертежу продолжаема была постройка такого же ранга кораблей, а особенно, когда уже по возвращении первых из кампании и дефекты о валкости их представлены были?»