Общепринятая практика обсуждалась на собраниях духовенства и мирян, радеющих о чистоте церковной жизни. В результате молодые священнослужители маросейского храма решили, что не будут принимать записки после начала литургии. Вскоре это стало причиной неприятного случая, стоившего о. Алексию много нервов и душевных сил.
Как-то раз один из прихожан, у которого серьезно заболела жена, зашел в храм во время литургии перед самым чтением Евангелия, подал записку о здравии и купил просфору, прося вынуть из нее частицу. Но служивший в то время священник отказал ему, сказав, что проскомидия уже совершена. Прихожанин очень огорчился и отправился на квартиру к батюшке. Там он жаловался на новые порядки, лишающие его последнего утешения в трудную минуту. Отец Алексий, изумленный тем, что без его ведома и благословения было сделано та кое распоряжение, немедленно отправился в храм. Он просил священника, служившего ли тургию, принять записку и вынуть частицу за болящую женщину. Служащий священник был так взволнован распоряжением батюшки, что, вынимая частицу, отрезал копием голову Божией Матери, изображение Которой было на просфоре. Вид изувеченной просфоры привел прихожанина в уныние. Он сказал о. Алексию, что жена его теперь умрет, раз голова Божией Матери отрезана. Батюшка оставил эту просфору у себя, дал прихожанину другую, утешив и успокоив его. После службы он пригласил священника к себе, показал ему просфору и отменил распоряжение относительно отказа в приеме записок после начала литургии.
Вообще о. Алексий придавал поминовению на проскомидии огромное значение. Он совершал ее часа полтора и более, приходя заранее и усердно вычитывая поданные записки. Когда же по болезни он не мог быть в храме, то просил служащего священника помянуть того или другого из его духовных чад.
Другой случай непонимания на почве церковных правил был еще более болезненным для о. Алексия; это непонимание возникло с его родным сыном о. Сергием. Священномученик Сергий был очень ревностным пастырем, его проповеди были очень интересны — он вообще имел глубокий богословский ум. Однако все осложнялось большой горячностью о. Сергия, батюшка как-то сказал о нем: «Он горит, и я рад. Он сгорит на этом деле». [1, с. 136]
Отец Сергий всегда возмущался любыми отклонениями от церковных правил. Одним из таких нарушений была исповедь во время литургии. Согласно каноническим правилам, Таинства Исповеди и Причастия не связаны между собой, но с Синодального периода и по сегодняшний день в практике Русской Церкви эти Таинства соединены — без исповеди не допускают к причастию. Вследствие этого там, где существовала практика более-менее частого причащения, исповедь проводилась не только накануне, но и во время литургии. Так было и в Никольском храме, где настоятельствовал о. Алексий.
Отец Сергий решил прекратить такую практику — он настоял на том, чтобы исповедь проводилась или накануне, или перед литургией — во время проскомидии и чтения часов. Отец Алексий был не согласен с решением сына: «Ну как я откажу в исповеди, — говорил он, — может быть, она последняя надежда человека? Может быть, от толкнув его, я причиню гибель, вред его душе. Христос никого не отталкивал от Себя. Он всем говорил: