В 1931 году были арестованы о. Борис Холчев, о. Сергий Смирнов, староста храма Сергей Никитин и другие члены общины. В 1932 году был арестован о. Владимир Щербаков. Единственным священником в маросейском храме остался иеромонах Александр (Ильин). Именно ему довелось совершить последнюю Божественную литургию в день Благовещения в 1932 году — узнав, что в ряде церквей праздничной всенощной уже не было, провел общую исповедь и причастил Святых Таин всех, пришедших к литургии. По дороге из храма его арестовали.
В октябре 1932 года Никольский храм на Маросейке был закрыт и разорен. После закрытия храма жизнь общины становится сокровенной. Осторожность была присуща времени — опасность подвергнуться аресту грозила каждому.
Те из мирян, кто был наиболее подготовлен, продолжали вести занятия по изучению предания Церкви, творений святых отцов, иконописи, стремясь таким образом сохранить наследие духовных отцов. «Еще при батюшке существовали духовные семьи или группы, участники которых часто общались друг с другом. Они встречались иногда каждую неделю, вместе читали что-либо из святоотеческой литературы и молились. При отце Сергии это движение получило еще большее развитие. Разрослась община, и таких семей стало больше. Во главе каждой стоял кто-нибудь из более знающих, опытных или старших по возрасту. Он становился помощником духовного отца… и мог оказать первую духовную помощь сестрам — утешить, ободрить, поддержать в трудную минуту… Это движение стало большим подспорьем для отца Сергия при его огромной нагрузке. А когда он был арестован, а года через три закрыли храм, эти семьи стали большой духовной поддержкой для своих членов и помогли им не потеряться…» [11]
Члены общины вскоре были высланы и впоследствии лишены права жительства в крупных городах. Они потом скрывались от властей, пытаясь найти возможность заработка, или устремлялись за своими репрессированными близкими. В итоге они оказались рассеяны по всей стране, от Москвы и ее окрестностей до берегов Балтийского моря и Средней Азии. Но духовный опыт стояния в вере, полученный от пастырей маросейского храма, мечевская община сохранила. Она явила собой уникальный опыт выживания Церкви в период гонений. Священники маросейского храма служи ли тайно. Богослужения были организованы на квартирах, строго соблюдался порядок их проведения и очередность.
Пройдя долгие годы ссылок и лагерей, о. Сергий Мечев в 1937 году поселился в Калинине (Твери) — там он прожил последние годы и оттуда руководил общиной. Желая сохранить литургиче скую жизнь общины, о. Сергий искал возможность рукоположения некоторых братьев общины.
Совершить эти хиротонии собирался епископ Афанасий (Сахаров), но его арестовали; тогда договорились с епископом Мануилом (Лемешевским). В 1938 году он рукоположил Романа Владимировича Ольдекопа, Константина Константиновича Апушкина, Бориса Александровича Васильева и Валерия Владимиро вича Поведского.
1 мая 1939 года епископа Мануила аре стовали в Завидове Калининской области, и он сообщил следствию о своих контактах с сосланными священниками, в том числе и с отцом Сергием. По невероятной случайности это стало известно отцу Сергию. Он не хотел верить. Но ему грозил арест, и о. Сергий переехал в Рыбинск.
Отец Сергий опасался, что арест грозит не толь ко ему — самая большая его скорбь была об общи не. Он молился, прося Бога о том, чтобы пострадать ему одному. И молитва его была услышана.
В Рыбинске жила блаженная Ксения, слепая молитвенница. К ней обращались даже епископы за молитвой и советом. Когда к ней обратился о. Сергий с вопросом: «Что делать священнику, которого предал епископ?», она прислала ему ответ: «Схима, затвор». [6, с. 153] Этот ответ был воспринят о. Сергием как предсказание тюрьмы и смерти.