Город Кронштадт, основанный в 1704 году, долгие годы был военно-морским форпостом, защищавшим северную столицу, и одновременно столицей морских сил России. В Андреевском соборе, являвшемся прообразом Адмиралтейства со времен Петра I, традиционно хранились реликвии, связанные с Российским флотом: собственноручно выполненный Петром Великим медальон из слоновой кости с изображением апостола Андрея Первозванного и золотой крест с частицей его святых мощей. Именно сюда были переданы на хранение знамена полков, участвовавших в героической обороне Севастополя 1855 года.
Но с середины XIX века Кронштадт, благодаря служению святого праведного Иоанна Кронштадтского, стал еще и духовным форпостом России. По словам современников, это время было «золотым веком» Кронштадта. В квартире на углу Посадской и Андреевской улиц на втором этаже Дома причта Андреевского собора отец Иоанн прожил более полувека – с 1855 по 1908 гг.
В это время не было улицы и переулка, где бы не бывал отец Иоанн. Как вспоминали современники, у отца Иоанна был особый обычай, особое правило – «ходить на огонек». Поздно вечером «на сон грядущий» батюшка выходил на улицы Кронштадта и обходил город с молитвой о нем и если видел, что где-то в поздний час горит огонек в окне дома, заходил туда. Огонек в поздний час означал, что в доме скорбь и нужна помощь. Ежедневно в Кронштадт помолиться в Андреевском соборе вместе с отцом Иоанном приезжали тысячи людей со всей России. Тысячи богомольцев приходили и к дому, в котором жил отец Иоанн, – у балкончика квартиры всегда стоял народ. Батюшка с балкона благословлял народ и проповедовал им.
После кончины отца Иоанна, несмотря на оскудение потока богомольцев, в Кронштадте продолжали сохранять традиции молитвы и благотворительности, заложенные дорогим батюшкой. На квартире отца Иоанна была установлена мемориальная доска. В самой квартире возник фактически музей Иоанна Кронштадтского.
Но десятилетие спустя устоявшаяся жизнь Кронштадта была сметена Октябрьским переворотом. После восстания 1918 года большая часть местных жителей была выселена.
Но в том же 1918 году Кронштадт посетил святитель Тихон, Патриарх Московский и всея России. Узнав о нависшей над квартирой отца Иоанна угрозе, Патриарх благословил устроить в ней церковь Живоначальной Троицы, которая стала последним храмом России, освященным перед 70-летним перерывом. Буквально в считанные недели в квартире был устроен храм Животворящей Троицы. Там служилась литургия, можно сказать, что к св. Иоанну литургия сама пришла в дом. Квартира в таком виде сохранялась до 1931 года В годы гонений, в годы расстрелов она оставалась нетронутой. В ней даже была устроена звонница, состоявшая из семи колоколов.
В 30-е годы Кронштадт стал закрытым городом, где всякая «религиозная пропаганда» была под запретом. Один за другим были закрыты все храмы Кронштадта: в 1931 году храм-квартира отца Иоанна была превращена в простую коммуналку. Впоследствии в 1960-е годы этот дом был надстроен, и бывшая квартира отца Иоанна оказалась разделенной на несколько отдельных квартир. Но, несмотря на то, что мало кто мог пробраться в Кронштадт, но и в мрачные 1930-е, и в хрущевские безбожные 1960-е, на улице у дома, где некогда жил отец Иоанн, периодически появлялись странные «прохожие», которые подолгу прогуливались под знаменитым балкончиком на втором этаже.
В 1931 году был закрыт и уникальный Андреевский собор, в котором служил отец Иоанн. Первоначально он находился на балансе Общества по охране памятников, поскольку этот собор являлся прообразом шпиля Адмиралтейства. Их создал один и тот же архитектор. Адмиралтейство и Андреевский собор строились вместе и представляли единое целое.
Несмотря на официальную охрану, год спустя после закрытия в соборе начался пожар – старожилы вспоминали, как пылал собор – будто огромная церковная свеча. От собора остались лишь черные стены, которые вскоре были взорваны. На месте Андреевского собора был устроен фонтан. В народе этот фонтан называли «святым». Жители Кронштадта, почитатели отца Иоанна приходили к этому фонтану и набирали в нем воду, почитая ее святой. В результате фонтан был уничтожен, а на этом месте разбит сквер.
В настоящее время на месте Андреевского собора установлен памятный камень с надписью «Пусть сей камень вопиет к нашим сердцам о поруганной святыне». Этот камень был освящен Святейшим Патриархом Алексием II, как закладной в конце сентября 2008 года. На месте этого камня в будущем предполагается построить храм.