Начальный этап жизни Японской Церкви напоминал собой жизнь первой апостольской общины, даже недоразумения, возникавшие между христианами, были полны веры и любви, в качестве примера можно привести рассказ самого отца Николая: «По моем приезде скоро меня навестил г-н Савабе и, между прочим, сообщил мне о странном, во время моего отсутствия из Японии, поведении г-на Сакая, который проводил все время в заботах о возможно большей выручке денег из своих занятий, тогда как остальные христиане старались, напротив, всем делиться со своими братьями. Услышав об этом, я хотел было обличить г-на Сакая, но с приходом последнего дело тотчас объяснилось. Явившись ко мне, г-н Сакай представил собранные им сто иен (около двухсот рублей), которые пожелал употребить на дела Церкви. Так разъяснилось недоумение г-на Савабе относительно странного, по-видимому, поведения г-на Сакаи.
Другой, подобный по своей видимой странности, случай произошел с г-ном Томи Петром. В одно время все заметили его внезапное исчезновение куда-то. Никто не знал, куда он скрылся… Но вот, спустя 11 дней после этого, однажды вечером, около одиннадцати часов, г-н Петр Томи является ко мне в сопровождении г-на Сакая. Вижу — худ до невероятности, кости сильно выдались на совершенно изменившемся в своем цвете лице; просто жалко было смотреть на него. На мои вопросы, где он был и почему так сильно исхудал, он ответил, что все это время он проводил в воздержании от сна и пищи и в молитве о скорейшем просвещении братьев-язычников тем светом истины, которого он сам недавно сподобился. Услышав обо всем этом, я был очень изумлен столь трогательным проявлением горячей верности по вере. Но все-таки я должен был заметить ему, что такое дело впредь нужно совершать согласно с установлениями Церкви, ибо иначе можно принести сильный вред своему здоровью». [1, с. 29]
Вскоре, в 1872 году отец Николай обрел деятельного помощника — в Хакодат прибыл иеромонах Анатолий (Тихай), кандидат Киевской Духовной Академии. Архимандрит Николай отзывался о нем так: «Лучших помощников я не желал бы!» Благодаря приезду отца Анатолия, архимандрит Николай смог расширить ареал своей проповеди. Он перебирается в Токио, оставив и консульскую церковь, и христианскую общину на отца Анатолия.
В Токио отец Николай поселился в районе Цукидзи. По сравнению с жизнью в консульстве, он оказался в довольно скудных условиях. В Токио отец Николай арендовал небольшую комнату на чердаке. Здесь же и проходили катехизаторские беседы — недостатка в слушателях не было. Напротив, из-за большого количества слушателей беседы приходилось проводить в две смены — утром и вечером.
Помимо непосредственно миссионерской проповеди, отцу Николаю, как начальнику Духовной Миссии, необходимо было позаботиться о многом. В частности, первоочередным делом было строительство православного храма в Токио. Об этом отец Николай неоднократно писал в Россию, и ему удалось заинтересовать этим делом адмирала Евфимия Васильевича Путятина, неоднократно бывавшего в Японии — он взял на себя сбор средств на строительство храма.
Между тем, из Хакодата пришли тревожные вести — там вновь были арестованы ревностные катехизаторы — Павел Савабе и Иоанн Сакаи. В данном случае преследовались не именно православные, а все христиане. В Сендае и Хакодате было арестовано около 120 человек; кроме того по приказу местного губернатора были уволены все чиновники-христиане. Дабы выручить своих духовных чад, архимандрит Николай обратился к правительственным чиновникам, Ивакуре Томоми и Кидо Такаёси. Просьба отца Николая была принята благосклонно и катехизаторов отпустили.
Однако, в связи с этим остро встал вопрос о том, как быть с теми неофитами в Токио, которых отец Николай подготовил к крещению. В случае крещения и они и сам отец Николай также могли подвергнуться гонениям. Решившись, отец Николай все таки крестил тайно двенадцать человек, которых посчитал наиболее надежными и готовыми к принятию святого крещения. Известие о крещении вышло за рамки христианской общины — отец Николай узнал об этом от знакомого жреца. Оказалось, что когда пришел донос, влиятельные представители местного духовенства из уважения к русскому священнику решили не давать делу хода.
Вскоре, 10 февраля 1873 года, вышел императорский указ, отменяющий все антихристианские законы. Теперь японские христиане могли не бояться произвола местных властей, ссылавшихся на старинные законы. Этот указ был очень важен и для Русской Духовной Миссии, которая получила возможность действовать в Японии официально.