Ранний вариант основной редакции (известный в 25 списках, 11 из которых включают также и службу святому) отличался прежде всего наличием предисловия и добавлением нового чуда (датированного 1620 годом), а также тем, что здесь впервые основание Новоезерской обители дано под 1517 годом; имя игумена Пимена как автора уже отсутствует. Текст также подвергся стилистической правке, став одновременно и более цельным, и более отстраненным, также ощущается уже удаленность во времени от описываемых событий. Меньше стало авторских рефлексий, мелких, но важных для исторической достоверности деталей. Корнилий Комельский в этой версии уже именуется преподобным, а не блаженным, поскольку в 1600 году он был канонизирован. Изменилась и трактовка пророчества Кирилла – в первоначальной редакции речь шла о Царе Небесном (поэтому его сопровождал эпитет «Господь»), в основной же Кирилл говорит уже о «государе», то есть о царе земном. Стоит отметить, что списки ранней версии основной редакции очень стабильны – разночтения между ними несущественны (в основном речь идет о стилистических правках и незначительных сокращениях), текст же службы везде (где он есть) писан той же рукой, что и само житие – то есть копировались они в комплексе. Эта версия написана примерно в 1625 году (не позднее 1628), к этому же времени относится и начало церковного прославления Кирилла. Вариант, найденный в «Четьях-Минеях» Германа Тулупова, дополнен описанием чуда 1627 года, а вариант в «Четьях-Минеях» Иоанна Милютина не содержит предисловия.
Примерно в это же время (при царе Михаиле Федоровиче и патриархе Филарете) была предпринята попытка канонизации Кирилла, о чем пишет Е.Е. Голубинский в своей «Истории канонизации святых в Русской церкви»:
«Первая попытка к установлению празднования Кириллу была сделана при царе Михаиле Федоровиче и патриархе Филарете, когда, после длинного ряда чудес, было совершено им одно выдающееся чудо. Из монастыря донесено было о чуде царю и патриарху; царь и патриарх поручили произвести дознание о чуде митрополиту Ростовскому Варлааму, а этот в свою очередь возложил поручение на Кирилло-Белозерского (монастыря) игумена Филиппа. «
Так называемый поздний вариант основной редакции (известен в 10 списках) появился в середине XVI века. И хотя в нем еще нет ни слова об обретении мощей Кирилла, появление его связано именно с этим событием и последовавшей после него канонизацией – для прославления нового святого просто растиражировали уже имевшееся житие. Изменения в тексте самого жития свелись в основном к стилистическим правкам и «осовремениванию» языка. Более важно, что поменялись интерпретации некоторых чудес. Да еще крестьяне, ранее владевшие Красным островом, в этом тексте передают его монастырю сразу и безоговорочно.
Только в 1660–1670-е годы появляется расширенная версия этого варианта жития, в которой к тексту собственно жития и перечню чудес добавляются «Слово на обретение мощей» и «Чудо о Иване Грозном», а текст жития приводится в соответствие с их содержанием в случаях разночтений (известно 18 списков); на основе этой версии была создана проложная редакция. «Слово…» не датировано, но исходя из упоминания в нем перенесения мощей в храм в 1652 году и прославления в нем не только Кирилла, но и боярина Бориса Морозова, на чьи деньги строился этот храм, во время возведения которого и были найдены мощи – и который умер в 1662 году (о чем «Слово…» не упоминает), можно отнести написание «Слова…» ко времени между этими двумя датами. «Чудо…» же первоначально появляется в конце списка, хотя по хронологии должно быть одним из первых посмертных (позже это было исправлено). В дальнейшем продолжалась стилистическая правка, не прекращалось и редактирование пророчества.