После окончания академии в 1888 году он вернулся преподавателем в Псковскую духовную семинарию, где учился до этого. В 1891 году принял постриг с именем Тихона – в честь любимого им святителя Тихона Задонского. Вскоре он стал иеромонахом. С октября 1897 года он – епископ Люблинский, викарий Варшавской епархии. Тихон был весьма популярен среди семинаристов, священников, простых прихожан. Но не прошло и года, как молодого епископа отправили в Америку. Там его ждала огромная епархия, в которую входили Северо-Американские Соединенные Штаты, Канада и Аляска. Тихон фактически стал главой Православной церкви в Северной Америке. Он очень деятельно взялся за благоустройство своей епархии, принял целый ряд мер для того, чтобы развивалась православная жизнь. Он открывал храмы и духовные училища, старался развивать миссионерскую работу. Благодаря Тихону в православие перешли многие из униатов, оказавшихся в Америке, отмечены были случаи перехода в православие из англиканской веры. Удивительные по размаху и христианскому духу плоды его архипастырских трудов сделали святителя Тихона одним из самых почитаемых святых православной Америки.
В 1907 году Тихон, уже архиепископ, был переведен в одну из крупнейших и древнейших епархий России – на Ярославскую кафедру. Здесь он также очень быстро нашел контакт со своей паствой. Этот период примечателен тем, что жители Ярославля избрали его почетным гражданином города – случай первый и едва ли не единственный в русской истории.
Вскоре после его назначения в Виленскую епархию началась война, и его служение осложнилось многими новыми заботами. Ему пришлось думать о беженцах, эвакуировать в Москву мощи виленских мучеников, у него же сохранялась и чудотворная Жировицкая икона Божией Матери, впоследствии им возвращенная в Жировицкий монастырь. Февральская революция 1917 года застала его в Москве. Епархиальный съезд московского духовенства и мирян в июне избрал архиепископа Виленского Тихона архиепископом Московским и Коломенским, в августе же Священный Синод избрал его митрополитом Московским, и на него сразу же было возложено бремя подготовки Поместного собора русской церкви, который не собирался более двухсот лет.
Собор открылся в день Успения Божьей Матери – 15(28) августа 1917 года. Везде ощущались тревожные приметы будущих перемен. И Собор после многих заседаний и горячих дискуссий поддержал идею возродить патриаршество. Предварительное голосование определило трех кандидатов, и лишь третьим из них стал Тихон. Но именно он был избран патриархом. В праздник Введения во Храм Пресвятой Богородицы – 21 ноября (4 декабря) – в Успенском Соборе Московского Кремля была совершена интронизация Патриарха Тихона.
С самого начала отношения государственной власти и предстоятеля Русской православной церкви приобрели характер острого конфликта, так как уже первые декреты и постановления советской власти коренным образом ломали и традиционный уклад церковной жизни. Начались репрессии против церкви – убийства священников, разграбление церковного имущества. После вооруженного захвата Александро-Невской и Почаевской лавры патриарх Тихон выпустил послание от 19 января (1 февраля) 1918 года, известное, как «анафематствование Советской власти». Патриарх, исполняя свой долг пастыря, разъяснял людям смысл происходящего в стране с точки зрения Церкви, предостерегал от участия в грехах и преступлениях, в которые втягивали их большевики. В послании патриарх выступил против разрушения храмов, захвата церковного имущества, гонения и насилия над Церковью:
«Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню геенскому в жизни будущей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей земной…
Властью, данною Нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя бы по рождению своему принадлежите к Церкви Православной…
Заклинаем и всех вас, верных чад Православной Церкви Христовой, не вступать с таковыми извергами рода человеческого в какое-либо общение: «Изымите злого от вас самих» (1-е послание к коринфянам, 5:13).