В сентябре следующего 1898 года молодой епископ был направлен в Северную Америку, где возглавил Алеутскую и Аляскинскую епархию. Развив бурную и весьма продуктивную деятельность (один переход священника Американской епископальной церкви Ингрэма Ирвина в православие, причем с последующим рукоположением в сан, равный прежнему, чего стоит), епископ Тихон немалое внимание уделял и административным вопросам – при нем было приведено в соответствие с реальностью название епархии, центр которой уже более тридцати лет находился в Сан-Франциско – с 1900 года она стала именоваться Алеутской и Северо-Американской. Позже его стараниями епископская кафедра была перенесена в Нью-Йорк, созданы викариаты, упрощавшие управление на местах. Во время поездки в Россию в 1903 году Тихон был возведен в сан архиепископа. Тихон, оценивая значение епархии в Северной Америке, полагал возможным повышение ее статуса до экзархата Русской церкви с широкой автономией, с развитием этого процесса вплоть до автокефалии. Однако эти его идеи не нашли поддержки у Священного Синода.
В январе 1907 года его перевели в Россию, в Ярославль (из Америки он отбыл в марте). Период пребывания его во главе Ярославской епархии примечателен, среди прочего, что Тихон состоял почетным председателем ярославского отделения Союза русского народа (организации с весьма показательной идеологией). Во время празднования 300-летия дома Романовых в 1913 году лично встречал императорскую семью при входе в Успенский собор в Ярославле, а затем сопровождал их в Спасский монастырь, где в 1613 году пребывал первый царь из рода Романовых Михаил Федорович. В декабре того же года был переведен в Виленскую епархию (уехал в Вильно в январе 1914 года) – по многим свидетельствам, в результате серьезного конфликта с ярославским губернатором Д.Н. Татищевым.
Февральская революция застала архиепископа Тихона в Москве. Новый обер-прокурор Синода В.Н. Львов первым делом удалил из Синода петроградского митрополита Питирима и московского митрополита Макария, которые имели весьма тесные связи с Распутиным, а потом и вовсе оставил из прежнего состава одного лишь архиепископа Сергия (впоследствии – патриарха, но об этом позже). Львов поддержал созыв Поместного Собора, весьма необоснованно предполагая, что он поддержит реформы, и никак не ожидал, что патриархом будет избран Тихон, которого он изгнал из Синода.
Патриархом Тихона сделало то ли Божье провидение, то ли случайность жребия – в предварительном голосовании он набрал наименьшее число голосов среди кандидатов, допущенных, так сказать, «во второй тур».
Поместный Собор продолжал свою работу больше года, но так ее и не завершил – в сентябре 1918 года его деятельность была прекращена большевиками. Первая сессия приняла среди прочих нормативно-правовых документов «Определение о правовом положении Церкви в государстве», предусматривавшее первенствующее публично-правовое положение Православной Церкви перед другими церквями в Российском государстве; независимость Церкви от государства – при условии согласования церковного и светского законоуложений; обязательность православного исповедания для главы государства, министра исповеданий и министра народного просвещения. Вторая сессия (февраль – апрель 1918) поручила Тихону тайно назначить своих местоблюстителей, что и было сделано тогда же (а не в 1925 году). Также она приняла новый Приходский устав и среди прочих – определение против новых законов о гражданском браке (расторжение гражданского брака никак не касалось брака церковного).
Почти непрерывное преследование со стороны властей и спецслужб вынудило Тихона, успевшего прославиться «анафемой безумцам», под которыми все без исключения понимали большевиков, и проклятием убийцам царя, а также органам власти, это убийство одобрившим, пойти на попятную. Свою новую линию поведения патриарх оправдывал тем, что это позволит ему сделать больше для Церкви, чем мученическая смерть в безвестности.
Шестнадцатого июня 1923 года он подписал заявление, в котором раскаивался в «поступках против государственного строя». 27 июня «Известия» опубликовали текст заявления, а 1 июля – даже «Факсимиле заявления гр. Белавина (бывш. патриарха Тихона) в Верховный Суд РСФСР»:
«Обращаясь с настоящим заявлением в Верховный Суд РСФСР я считаю необходимым по долгу своей пастырской совести заявить следующее: