После сошествия Святого Духа на апостолов Иоанн вместе с другими принимал активное участие в устройстве Иерусалимской Церкви. В это время он стал правой рукой деятельного, часто выступающего перед народом апостола Петра: вместе они шли к месту проповеди, вместе предстали перед судом, вместе сидели в темнице. Вдвоем с Петром они отправились и в Самарию для возложения рук на новообращенных. Иерусалимские христиане почтительно назовут Иоанна «столпом Церкви».
Спустя несколько лет после Вознесения Христа апостол Матфей написал первое Евангелие. Этот текст многие будут переписывать и распространять, а вот авторство его первого перевода с еврейского языка на греческий приписывают в том числе и Иоанну Зеведееву.
За эти годы в Иерусалиме по повелению царя Ирода Агриппы был казнен его старший брат, апостол Иаков, осужденный по доносу лжесвидетеля.
По преданию, Иаков Зеведеев спокойно выслушал приговор и продолжал свидетельствовать о Христе. Его мужество так поразило лжесвидетеля, что он уже на суде раскаялся в своем поступке, хотя это и не помогло подсудимому. А когда апостола повели на казнь, то обвинитель упал к его ногам и стал умолять простить его. Иаков обнял его и сказал: «Мир тебе, сын мой; мир тебе и прощение».
Обвинитель объявил, что он тоже верит в Христа, и был казнен вместе с апостолом. Он даже не успел принять обряд крещения, но получил «крещение кровью», – и таких христиан в первые века будут тысячи.
После Успения Божией Матери Иоанн Зеведеев уже навсегда покинет Иерусалим.
Когда ученики Христа еще только готовились идти с миссионерской проповедью в разные части света и тянули жребий, апостолу Иоанну досталась Малая Азия. И теперь для него пришло время исполнить свою миссию. Взяв с собой ученика Прохора, апостол Иоанн сел на корабль, и они отправились к берегам Малой Азии.
Во время морского путешествия их ждали серьезные испытания, которые Иоанн, обладавший даром прозорливости, предвидел заранее. Он сразу сказал Прохору, что на море их ожидает несчастье. Так и случилось: неподалеку от южных берегов Малой Азии корабль попал в бурю и был разбит. Пассажирам удалось спастись на корабельных досках и добраться до берега близ Селевкии. И лишь один из них остался в морской пучине – это был Иоанн…
В греческом варианте жития апостола Иоанна сохранилась интересная подробность. Узнав, что ему по жребию досталась Малая Азия, Иоанн принял новость с тяжелым сердцем, так как испытывал сильный страх перед морскими путешествиями. Упав на колени перед апостолами, он признался им в своем малодушии. Апостолы попросили Иакова, первого епископа Иерусалима, помолиться о прощении Иоанна, после чего все с миром разошлись. Но тогда Иоанну не пришлось уезжать из Иерусалима, потому что на него была возложена не менее важная миссия – забота о Марии, Матери Христа.
Много слез пролил Прохор об исчезнувшем в море апостоле Иоанне. Но он не терял надежды и продолжал молиться о его спасении. Все это время Прохор не уходил с берега, потихоньку продвигаясь от Селевкии на запад и останавливаясь на ночлег в прибрежных селениях. И однажды утром на берег огромной волной вынесло обессилевшего человека на доске. Это был Иоанн, который почти две недели пробыл в море, но по воле Бога остался жив.
Прохор сбегал в ближайшее селение, принес хлеба и воды, и, когда Иоанн немного набрался сил, они вместе отправились в путь и пешком прошли через всю Малую Азию.
Апостол Иоанн с Прохором поселились в западном портовом городе Эфес, где незадолго до этого жил апостол Павел и, значит, к тому времени существовала христианская община.
Согласно житию, в Эфесе Иоанн и Прохор нанялись в работники к содержательнице общественных бань по имени Романа. Иоанн должен был топить печь, а Прохор – носить воду. В этом доме им пришлось много претерпеть от злого нрава Романы, но Иоанн по молитве совершил чудо воскрешения из мертвых юноши Домна и умершего от горя его отца Диоскорида, городского старейшины. После чего и отец с сыном, и сама Романа уверовали в Христа и приняли крещение.
Описывается еще один случай, как в праздник почитаемой в Эфесе богини Дианы (или Артемиды Эфесской) апостол Иоанн вразумлял язычников. Когда народ собрался в храме, он встал возле изваяния Артемиды и стал говорить о том, что не до́лжно людям поклоняться идолам. Эфесцы пришли в ярость, стали бросать в Иоанна камни, но ни один в него не попал – все отлетали от статуи и попадали в самих бросавших. Затем апостол Иоанн поднял руки к небу и стал молиться. И вскоре наступил такой нестерпимый зной, что большинство собравшихся на площади перед храмом поспешили разойтись по домам.
Некоторые исследователи считают, что из Эфеса апостолы довольно скоро перебрались в Рим, откуда во время гонений Нерона апостола Иоанна сослали на остров Патмос.
Другие – а их все же большинство – придерживаются версии, что апостол Иоанн был отправлен в ссылку на Патмос гораздо позже, во время правления римского императора Домициана, значит, до этого он почти тридцать лет мирно жил в Эфесе.