Его отец Георгий Евгеник и мать Мария, оба благородного происхождения, после свадьбы переехали из трапезундских земель в Константинополь. Вскоре у них родилось двое сыновей: старший был назван Мануилом (такое имя носил и правящий в то время византийский император Мануил II Палеолог), младший – Иоанном.
В византийской столице Георгий Евгеник служил диаконом в соборе Святой Софии и быстро поднялся до должности сакеллария (советника, осуществлявшего надзор за приходскими церквями), а также возглавил школу – то ли собственную, то ли ту, что находилась при храме Святой Софии. В этой школе Марк Эфесский и получил свое начальное образование, до курса риторики.
Когда дети подросли, то были отданы родителями в знаменитую школу Иосифа Вриенния, размещавшуюся в стенах Студийского монастыря. Младший из сыновей сакеллария, Иоанн Евгеник, напишет, что они с братом с детских лет стремились учиться у наставников «наилучших и наиболее известных».
В школе Вриенния преподавали около тридцати лучших византийских учителей, самым прославленным из них был богослов и философ Георгий Гемист, из любви к философии принявший имя Плифон (созвучное Платону).
В сочинении великого ритора Мануила, обнаруженном в рукописях Парижской библиотеки, говорится, что в юные годы Марк Эфесский изучил весь круг свободных наук, «который он в краткое время прошел, как бы на крыльях, и превзошел всех своих соучеников и сверстников». Царицей всех наук в то время в Византии, безусловно, было богословие.
Должно быть, Георгий Плифон одним из первых обратил внимание на способности Мануила Евгеника, его незаурядную память, умение развивать свои мысли перед публикой и любовь к Священному Писанию.
Когда Мануилу Евгенику было тринадцать лет, а его младшему брату Иоанну и того меньше, их отец умер.
Духовным наставником Мануила был Патриарх Константинопольский Евфимий, который взял детей сакеллария под свою опеку и помог им определиться в жизни.
После окончания школы Мануил Евгеник стал преподавателем риторики в школе собора Святой Софии. В его обязанности входило подробное толкование Священного Писания. В возрасте двадцати четырех лет он уже был вотарием риторов (то есть кем-то вроде директора патриаршего училища).
Но через два года неожиданно для всех Мануил Евгеник уехал из столицы на остров Антигон и принял там монашеский постриг с именем Марк. «Не прилепляйся к миру – и избегнешь печалей. Презирай его – и будешь всегда радостен», – писал Марк Эфесский, и сам он именно так и поступал.
Когда под угрозой турецкого завоевания монахи были вынуждены покинуть Антигон, Марк Евгеник снова вернулся в Константинополь и поселился в Манганском монастыре Великомученика Георгия.
«Живя в столице, он был чужд ее жизни, ибо ничто его не связывало с нею. Глубоко чтимый всеми, он не только не искал почестей, но и не желал их», – напишет Георгий Схоларий, один из любимых учеников Марка Эфесского.
Об аскетическом образе жизни Марка говорится и в сочинении «Господина Мануила, Великого Ритора, о Марке, святейшем митрополите Ефесском, и о Соборе Флорентийском»: «До того же не любил выходить из монастыря и своей кельи в нарушение молчания и внимания себе, что знакомым и даже родным по крови не показывался на глаза».
Его младший брат Иоанн в это время служил в Константинополе диаконом в одной из церквей и стал номофилаком – важным чиновником в Патриархии. И брат, да и многие другие постоянно обращались к Марку Евгенику как к авторитетному знатоку православного вероучения и Священного Писания.
Марк Евгеник остался советником по вопросам богословия и после 1425 года, когда византийского императора Мануила II на престоле сменил его сын Иоанн VIII Палеолог.
Наследству, которое досталось василевсу, позавидовать было трудно. К тому времени почти вся территория Византии, за исключением Константинополя и его окрестностей, нескольких островов между Грецией и Малой Азией и кусочка земли на юге Греции, была завоевана турками. Византийский император являлся вассалом турецкого султана Мурада II, выплачивая ему громадную, разорительную дань.
До тех пор пока Западная Латинская и Восточная Православная Церкви находились в разделении, Византия не могла рассчитывать на военную и материальную поддержку из Европы. Необходимо было сначала заключить унию (соглашение) между двумя Церквями.
Когда султан Мурад II двинул османскую армию в Европу и захватил уже и многие славянские земли, не скрывая своих претензий на мировое господство, западные правители тоже озаботились вопросом о принятии унии.
Главным камнем преткновения, разделившим христианский мир, было филиокве (filioque – «и Сына») – добавление в латинский перевод Никео-Константинопольского Символа веры. По латинскому учению Дух Святой исходит не только от Отца, но и от Сына, с чем решительно не согласилось православное богословие.
Прежде всего, отрицалась сама возможность каких-либо изменений в Символе веры, принятом Вселенскими Соборами.