Постигшая Амвросия тяжелая болезнь имела для него, несомненно, важное значение. Она умерила его живой характер, предохранила его, быть может, от развития в нем самомнения и заставила глубже войти в себя, лучше понять и самого себя, и человеческую природу. Недаром же впоследствии отец Амвросий говорил: «Монаху полезно болеть. И в болезни не надо лечиться, а только подлечиваться!»
Помогая старцу Макарию в издательский деятельности, отец Амвросий и после его кончины продолжал заниматься ею. Под его руководством были изданы: «Лествица» преподобного Иоанна Лествичника, письма и жизнеописание отца Макария и другие книги. Но не издательская деятельность была средоточием старческих трудов Амвросия. Его душа искала живого, личного общения с людьми, и он скоро стал приобретать славу опытного наставника и руководителя в делах не только духовной, но и практической жизни. Он обладал необыкновенно живым, острым, наблюдательным и проницательным умом, просветленным и углубленным постоянной сосредоточенной молитвой, вниманием к себе и знанием подвижнической литературы. По благодати Божией его проницательность переходила в прозорливость.
Он глубоко проникал в душу своего собеседника и читал в ней как в раскрытой книге, не нуждаясь в его признаниях. Лицо его, крестьянина-великоросса, с выдающимися скулами и седой бородой, светилось умными и живыми глазами. Со всеми качествами своей богато одаренной души преподобный Амвросий, несмотря на свою постоянную болезнь, соединял неиссякаемую жизнерадостность и умел давать наставления в такой простой и шутливой форме, что они легко и навсегда запоминались.
Когда это было необходимо, он умел быть взыскательным, строгим и требовательным, применяя «наставление» палкой или же накладывая на наказуемого епитимью. Старец не делал никакого различия между людьми. Каждый имел к нему доступ. За советом к старцу приходили В.С. Соловьев и Ф.М. Достоевский, К.Н. Леонтьев и Л.Н. Толстой.
Толстой после беседы с отцом Амвросием сказал: «Этот отец Амвросий совсем святой человек. Поговорил с ним, и как-то легко и отрадно стало у меня на душе. Вот когда с таким человеком говоришь, то чувствуешь близость Бога». Внешняя жизнь старца в Оптинском скиту протекала следующим образом. День его начинался часа в четыре-пять утра. В это время он звал к себе келейников, и читалось утреннее правило. Оно продолжалось более двух часов, после чего келейники уходили, а старец, оставшись один, предавался молитве и готовился к великому дневному служению.
С девяти часов начинался прием: сперва монашествующих, затем мирян. Прием длился до обеда. Часа в два ему приносили скудную еду, после которой он час-полтора оставался один. Затем читалась вечерня, и до ночи возобновлялся прием. Часов в 11 совершалось длинное вечернее правило, и не раньше полуночи старец оставался наконец один. Отец Амвросий не любил молиться на виду. Келейник, читавший правило, должен был стоять в другой комнате. Однажды один монах нарушил запрет и вошел в келью старца: он увидел его сидящим на постели с глазами, устремленными в небо, и лицом, осиянным радостью.
Так в течение более тридцати лет изо дня в день старец Амвросий совершал свой подвиг. В последние десять лет своей жизни он взял на себя еще одну заботу: основание и устройство женской обители в Шамордине, в двенадцати верстах от Оптины, где кроме тысячи монахинь имелись еще приют и школа для девочек, богадельня для старух и больница. Эта новая деятельность была для старца не только материальной заботой, но и крестом, возложенным на него Провидением и закончившим его подвижническую жизнь.
10 (23) ноября 1891 года святой Амвросий скончался. Было решено перевезти его тело в Оптину пустынь, где он провел свою жизнь и где покоились его духовные руководители — старцы Лев и Макарий. На мраморном надгробии выгравированы слова апостола Павла:
СТАРЕЦ АМВРОСИЙ ПРОСЛАВИЛСЯ ПРОЗОРЛИВОСТЬЮ, ДАРОМ ИСЦЕЛЯТЬ ТЕЛЕСНЫЕ НЕДУГИ И ВРАЧЕВАТЬ ДУШЕВНЫЕ РАНЫ. ЕМУ МОЛЯТСЯ О ПОМОЩИ В РАЗЛИЧНЫХ ЖИТЕЙСКИХ НУЖДАХ, ОБ ИСЦЕЛЕНИИ В БОЛЕЗНЯХ, О ТВЕРДОМ СТОЯНИИ РУССКОГО НАРОДА В ВЕРЕ ОТЕЧЕСКОЙ, О ДОБРОМ НРАВЕ И ХРИСТИАНСКОМ ВОСПИТАНИИ ДЕТЕЙ.