Тексты были распределены между членами этой отборной группы, причем Кросс и Скеан получили библейский материал, а остальные занимались различными внебиблейскими сочинениями. Очевидно, было понято, что эти ученые обладают правом на официальную публикацию текстов, относящихся к их конкретным «участкам». Бросается в глаза, что в списке отсутствует имя какого-либо еврейского ученого. Иорданское правительство настояло на том, чтобы никого из них не включали. В течение 1950-х гг. группа смогла провести продолжительное время в Иерусалиме благодаря щедрости Дж. Д. Рокфеллера-младшего, который в течение шести лет выделял средства в поддержку ее деятельности. В этих благоприятных условиях утомительная работа по очистке, сортировке, прочтению и идентификации тысяч фрагментов продвигалась в высоком темпе. Кросс оставил памятное описание той работы:
В отличие от нескольких свитков из пещер 1 и 11, которые дошли в хорошем состоянии, лишь с небольшими лакунами, манускрипты из пещеры 4 находятся в состоянии прогрессирующего разрушения. Многие фрагменты настолько хрупкие и ломкие, что к ним едва можно прикоснуться кисточкой из верблюжего волоса. Большинство деформированы, изогнуты или сморщены, покрыты минеральными отложениями, почернели от влаги и времени. Проблемы по очистке, распрямлению, идентификации и соединению их вместе огромны. Фрагменты, когда их покупают у представителей племени, обычно поступают в разных коробках, сигаретных упаковках, коробках из-под фотопленки или обуви, в зависимости от размера фрагментов. Грубые руки бедуинов осторожно обращаются с драгоценной кожей и папирусом, поскольку стоимость материала оценивается очень точно. Бедуины часто использовали вату или оберточную бумагу, чтобы отделить и предохранить клочки свитков; а иногда к обрывкам, которые могли дать трещину или распасться, они прикладывали кусочки клейкой бумаги. После тайных раскопок в пещере 1 владельцы не разрывали большие листы или столбцы, чтобы продать их по частям.
В 1957 г. началась работа над составлением конкорданции всех слов, встретившихся в сотнях текстов, которые идентифицировала команда. Это делалось ради удобства редакторов, которым часто требовалось выяснить, где в других фрагментах могло встретиться слово. Следует заметить, что фрагменты продолжали поступать в музей до конца 1950-х гг. К 1960 г., когда поддержка Рокфеллера прекратилась, команда сумела проделать огромную часть мучительной редакторской работы и идентифицировала более 500 текстов из собрания пещеры 4. Результаты их усилий на тот момент были зафиксированы в конкорданции.