Среди многочисленных фрагментов, найденных в пещере 4, встречается относительно большое число манускриптов Еноха. Все они написаны на арамейском. Семь манускриптов включают части трех книжиц: Книги стражей (гл. 1-36), Книги видений (83–90) и Послания Еноха (91107). В еще четырех манускриптах приводятся части другой книжицы — Астрономической книги (гл. 72–82). Ученых заинтриговало то, что ни один из 11 манускриптов не содержит и слова из Подобий или Притч Еноха (гл. 37–71). Эти главы всегда представляли особый интерес для исследователей Нового Завета, поскольку в них центральную роль играет персонаж, названный «сыном человеческим». В конце он идентифицируется как Енох. Ученые давно спорят, не могла ли эта концепция всесильного сына человеческого, который будет участвовать в страшном суде, послужить источником, из которого черпали авторы новозаветных евангелий, преподнося Иисуса как сына человеческого. Теперь этот спор принял новый оборот. Некоторые, в том числе Ю. Т. Милик, который редактировал фрагменты Еноха, заключили, что, поскольку Подобия Еноха отсутствовали в Кумране, а все прочие части 1 Еноха имелись, Подобия, должно быть, являются более поздним сочинением. Если это так, они, вероятно, были написаны после Евангелий и тем самым не могли служить источником для евангелистов. Другие полагают, что Подобия могут происходить из другой ветви иудаизма, не кумранского типа, и что этот текст дохристианский. Каким бы ни был ответ на эти исторические вопросы, весьма вероятно, что Подобия, в отличие от всех остальных частей 1 Еноха, никогда не входили в собрание кумранских рукописей.
Также возможно, даже вероятно, что некоторые из манускриптов Еноха имеют еще одну интригующую особенность: вместо Подобий версия 1 Еноха, найденная в Кумране, содержала совершенно иное сочинение, которое называют Книгой гигантов. Имеется 9, возможно 10, ее кумранских списков, причем два манускрипта Еноха, упомянутые выше, также могли ее включать. В Книге гигантов повествуется об огромных сынах ангелов. Сам по себе этот факт может быть не особенно интересен, но Книгу гигантов ждала необычная судьба. Несколько столетий спустя она была переписана Мани, религиозным лидером из Вавилонии, который синтезировал разные элементы зороастризма, иудаизма и христианства. Книга гигантов, переработанная Мани, стала каноническим или библейским сочинением для него и его последователей. Если Книга гигантов была третьей композицией в кумранской версии 1 Еноха, тогда позже она была заменена совершенно непохожими Подобиями Еноха.
Четыре манускрипта Астрономической книги также представляют интерес. Первый из них датируется немногим позже 200 г. до н. э., тем самым указывая, что сама эта книжица была, вероятно, написана за некоторое время до того, как была сделана данная копия. Следовательно, Астрономическая книга Еноха является, по-видимому, одним из редких произведений древнееврейской литературы III в. до н. э., дошедших до наших дней. Эта первая копия и три других также выявляют значительные текстуальные отличия между арамейской и эфиопской версиями. Астрономическая книга наполнена длинными перечнями информации, такой как положение солнца и луны в определенные дни месяцев и лет, а также площадь лунной поверхности, освещенной солнцем во время всех ночей месяца. В какой-то момент переводчик или переписчик, очевидно, устал от всех этих подробностей и сократил их. Усеченная версия теперь присутствует в эфиопских манускриптах, тогда как арамейская скорее напоминает полный, не измененный оригинал. Эта книжица содержит солнечный календарь, состоящий из 364 дней, а также лунный с 354 днями.