В 2000-е годы болезненно стал восприниматься чиновниками, спецслужбами и руководством РПЦ рост представителей неправославных христианских конфессий (протестантов и католиков) в российских регионах. К ним сложилось отношение как к «неизбежному злу»[21]
. Неизбежное «зло» — потому что католиков и протестантов невозможно обвинить в «экстремистской деятельности», и тем более нельзя их вычеркнуть из российской истории, а поэтому от них никуда не деться. Католикам, в отличие от православных, не возвращают церковные здания, которые принадлежали им до революции 1917 года. Протестантов (баптистов, пятидесятников, евангелистов, адвентистов) вытеснили из социальных учреждений, которым они помогали. Евангельским церквям фактически запрещено проводить любые публичные акции (большая часть мероприятий церкви проводят от лица созданных ими светских некоммерческих структур). Отдельно, как в советское время, стали преследовать пятидесятников, известных своей практикой «говорения на иных языках» и эмоциональной молитвой — в 2009-2010 годах был ряд процессов над церквями пятидесятников[22], которым вменялось причинение психологического вреда гражданам, но прокуратуре не удалось ликвидировать церкви на этом основании.Под «злом», которое можно искоренить, в российском контексте стали пониматься новые религиозные движения. Многие автохтонные российские новые движения, не имевшие поддержки на Западе и возникшие самостоятельно в конце 1980-х — начале 1990-х годов, были уничтожены или ушли в подполье. Это, к примеру, своеобразные православные харизматы — Церковь Божией Матери Державной (Богородичный центр) во главе с пророком Иоанном Береславским, которому пришлось бежать в 2000-е годы от преследований заграницу. Кроме того, в 2016 году в Нижегородской области был ликвидирован индуистский монастырь Дивья Лока российско-украинского движения Адвайта-веданта. Церковь Последнего Завета Виссариона-Христа существует только потому, что ее общины имеют легальный статус только в глуши — на юге Красноярского края. Движение «Радастея» Евдокии Марченко, проповедующее действие «космических лучей и ритмы», ушло в интернет-пространство. Практически все новые движения, которых, как правило, боятся и считают «сектантами» не только в России, но и в других странах, оказались слабыми и довольно быстро сдавали свои позиции, хотя до конца и не исчезли. Между тем, в России остались движения западного происхождения — Свидетели Иеговы, мормоны и саентологи.
Показательным для религиозной политики властей стал пример организаций Свидетелей Иеговы, которые были запрещены как экстремистские на территории всей страны решением Верховного суда РФ от 20 апреля 2017 года. Свидетели Иеговы — достаточно сильная общероссийская сеть общин (около 400) с десятками тысяч верующих — 170 тысяч последователей, по их собственным данным, скорее всего, цифра завышенная. Но даже 100 тысяч граждан России, признанных потенциальными экстремистами, — это много. Помимо этого, существует более 2 тысяч групп, которые могут собираться по домам.
Как это ни странно, преследования Свидетелей Иеговы начались в те годы, которые считаются самыми либеральными за последние 20 лет — в эпоху правления Дмитрия Медведева. С 2009 года прокуратурами регионов инициировались процессы против Свидетелей Иеговы — 8 организаций было признано экстремистскими, 87 наименований литературы включены в Федеральный список экстремистских материалов. В марте 2017 года Минюст РФ обратился в Верховный суд РФ с просьбой признать Управленческий центр Свидетелей Иеговы и его подразделения, то есть все общины, экстремистскими и ликвидировать по совокупности накопленных обвинений и запретов. Фактически у Верховного суда РФ почти не оставалось никакого другого решения, кроме поддержки требований Минюста, так как многие решения региональных судов о ликвидации организаций и о запрете литературы, которые верующие обжаловали, также подтверждал Верховный суд. Кроме того, антиэкстремистское законодательство не дает простора для проявления милосердия, так как в общинах находили журналы «Сторожевая башня», признанные экстремистскими. Позиция защиты состоит в том, что отдельные общины независимы и не имеют прямого отношения к Управленческому центру, а журналы подбрасывали сами представители спецслужб, что подтверждает видеосъемка. Во время процесса в Верховном суде представители Минюста РФ не стали представлять никаких иных доказательств, многие адвокаты признали позицию Минюста безосновательной. Вопреки распространенному мнению, вопросы об отказе Свидетелей Иеговы от службы в армии или о переливании крови и имуществе верующих (или бывших верующих) даже и не рассматривались.