Объясняя замысел «Христа в пустыне», Крамской сообщил в одном из писем: «Я вижу ясно, что есть один момент в жизни каждого человека, мало-мальски созданного по образу и подобию Божию, когда на него находит раздумье – пойти ли направо или налево, взять ли за Господа Бога рубль или не уступать ни шагу злу. Мы все знаем, чем обыкновенно кончаются подобные колебания. Расширяя дальше мысль, охватывая человечество вообще, я, по собственному опыту, по моему маленькому аршину, и только по нему одному, могу догадываться о той страшной драме, какая и разыгрывалась во времена исторических кризисов». Далее художник поведал, как однажды на прогулке в лесу он увидел сидящего на пне одинокого человека в глубочайшем раздумье – и позднее не мог с уверенностью сказать: реальностью то было или созданием его, художника, творческой фантазии. Воображение Крамского оказалось столь захваченным этим образом или видением, что в нем родился замысел картины, для которой он лишь приспособил евангельский сюжет. Религиозный же смысл самого сюжета его вовсе не занимал. Художнику оказался важнее чисто человеческий аспект события, в чем он признался и сам: «Итак, это не Христос. То есть я не знаю, кто это. Это есть выражение моих личных мыслей». Многие современники придавали социально-политическое звучание этому произведению, увидев в одинокой фигуре мыслителя образ борца за человеческое счастье, революционера, готовящегося совершить некий подвиг во имя социальной справедливости. Нужно заметить, что подобный же смысл так называемые передовые люди вкладывали и в полотно А. Иванова, видя в Христе символ грядущего освободителя «труждающихся и обремененных» от самодержавно-крепостнического угнетения. Не случайно же весьма популярной была в ту пору идея отождествления христианских и революционно-социалистических идей. Конечно, то было недоразумение, но разделялось-то оно многими.
Так или иначе, мы видим у Крамского как бы вывернутое наизнанку осмысление евангельского сюжета: здесь к Богу приложены чисто человеческие критерии, человеческий «маленький аршин», здесь идея Христа объясняется через проблему земного бытия. Но там, где человек со своими «аршинами» становится мерою для Бога, там налицо явное пренебрежение высшею Истиной, отказ от Истины.
С середины XIX века в русском искусстве становится весьма заметным следование значительной части художников идеям социально-революционного обновления общества. Основная суть этих идей состояла в том, что главным виновником всех темных сторон жизни объявлялись внешние условия существования, определяемые разного рода социальными и политическими институтами, достойными лишь безжалостного революционного уничтожения. В число таковых институтов была включена и Русская Православная Церковь, которая начала восприниматься не как мистическое Тело Христово, а лишь как реакционная сила, эксплуатирующая народ-труженик. Церковь была отделена от Христа.
Сам Он оказался провозглашен борцом за земное благоденствие общества (и это Христос, утверждавший, что Его Царство не от мира сего, Ин. 18, 36) Церковь же подвергалась безусловному отрицанию.
Вообще считалось, что уничтожение одних внешних форм существования и замена их другими, якобы более справедливыми, решит все проблемы и в корне изменит бытие человека, сделает его счастливым. Историческая практика опровергла такое заблуждение, хотя за прозрение пришлось заплатить миллионами жизней. Но в те времена до понимания истинного смысла пагубных идей было слишком далеко, а немногие провидцы, подобные Достоевскому, предупреждавшие о неминуемой катастрофе, объявлялись реакционерами, мракобесами.
Русское духовенство выставлялось художниками чаще всего в непривлекательном виде: то жалкий священник благословляет «неравный брак», освящает неминуемую человеческую трагедию, то сельский клир в непристойно пьяном виде совершает крестный ход на Пасху, то непомерно разжиревший монах являет полное равнодушие к людским бедам, эгоистически наслаждаясь «чаепитием в Мытищах»... И это не отражение частных эпизодов, какие, вероятно, могли наблюдаться в действительности, но – заложение основ жесткой идеологии будущего революционного беснования.