Сделав ряд телевизионных картин («Жил-был настройщик», «Нужные люди», «Непохожая»), Алеников снял фильм, который в корне изменил его судьбу, — мюзикл «Биндюжник и Король» по мотивам пьесы И. Бабеля «Закат» и его же «Одесских рассказов». После шумного успеха этого драматического мюзикла на международном кинофестивале в Лос-Анджелесе в 1990 году, режиссер был приглашен в Голливуд. Его первым американским фильмом стал фильм «Время тьмы» с Джорджем Сигалом и Тамарой Тана в главных ролях (в российском прокате — «Феофания, рисующая смерть», в европейском прокате — «Очищение»).
Режиссер работает и в России, и в США, пробует себя в разных жанрах, снимая то документальные фильмы («Спасти человека»), то телесериалы («Короли российского сыска», «Любовь Великих»), то делая театральные постановки («Белый Мерседес» /США/, «Поиски любви» /Россия/).
Особое место в его фильмографии занимает документальный фильм «Пробуждение», снятый Владимиром Алениковым в Москве во время августовского путча 1991 года. В первые же сутки путча Алеников оказался чуть ли не единственным кинематографистом с камерой в руках у стен Белого дома и сумел необыкновенно эмоционально рассказать в своем фильме об этом перевернувшим весь мир событии. Фильм, который он назвал «Пробуждение», с годами приобретает все большую ценность.
Американский художественный фильм Владимира Аленикова «Пистолет (с 6 до 7.30 вечера)», снятый в реальном времени, стал новой вехой в творчестве режиссера, получил ряд призов на крупных международных кинофестивалях, в том числе представлял США в главном конкурсе Монреальского всемирного кинофестиваля в 2003 году.
Предпоследняя большая работа режиссера в России — лирическая комедия «Улыбка Бога, или Чисто одесская история» — заслужила восторженный зрительский прием и престижные награды на многочисленных кинофестивалях.
Совсем недавно Алеников закончил полнометражную картину «Война Принцессы», щемящую драматическую историю, своеобразный современный вариант «Ромео и Джульетты», снятый с детьми (кавказцы и русские) и поднявший крайне актуальную сегодня тему межнациональных отношений. На сегодняшний день в копилке фильма уже полтора десятка фестивальных наград.