Первое упоминание о казаках в московских архивных источниках, дошедших до наших дней, относится к середине XVI века. В то время по сложившейся традиции их называли калмаками, от тюркского «калмак», что значит «остаток» (армии Стального Императора). Этот термин был заимствован у более ранних мусульманских авторов и широко применялся московскими чиновниками. Так, ногайский князь Мамай в 1556 году писал Ивану IV, что на него напали казаки-калмаки. Атаман Мамай – основатель автономной малой Атеульской орды, которая занимала достаточно большую местность на Южном Урале вплоть до Аральского моря. Он находился в сложных отношениях с другими атаманами Ногайской орды и по этой причине мог рассчитывать только на собственные силы и временных союзников, таких, как Московское царство. Это было первое сообщение о начале гражданского конфликта между Центральной и Ногайской ордами.
Сама Ногайская орда в то время располагалась на гигантской территории и насчитывала несколько миллионов казаков, но практически распалась на самостоятельные атаманства. Ее лидеры традиционно ориентировались на Османскую империю – мусульманское государство. После ее появления на месте бывшей Византии ногайцы вступили в союз с единоверцами, поскольку к тому времени уже приняли ислам. Ногайская и Крымская орды составляли основу османской армии и управленческой элиты, с их помощью держава побеждала многочисленных противников. Ошибочно предполагать, что казаки были вассалами Османской империи, – напротив, сами султаны порой оказывались политическими марионетками в руках крымских и ногайских атаманов. Кроме того, все они были кровными родственниками. По сложившейся традиции старшими женами османского правителя и матерями его наследников всегда становились дочери лидеров Крымской орды. А династические браки в среде крымской элиты заключались с представителями ногайской высшей знати.
На огромном пространстве казачьих земель, от Днестра до Тихого океана, все орды были однотипными. Ногайская отличалась лишь религией и ориентацией на Османскую империю, подобно тому, как в последующую эпоху казаки, принявшие православие, устанавливали связи с Москвой. Однако назвать это подкупом со стороны чужестранных султанов нельзя, так как ногайцы всегда проводили собственную политику.
К середине XVI века казаки Центральной орды еще не придерживались какой-либо одной доминирующей религии, хотя, возможно, среди них были сильны традиционные культы поклонения Вечному Небу и христианство несторианского толка, близкое к православию. Это значит, что у них не могло быть религиозного конфликта с ногайцами. Скорее всего, источниками противоречий стали глобальные социальные изменения. На земли Ногайской орды, как территорию, являющуюся частью общего исторического пространства казаков, начинается постепенный переход Гвардии Стального Императора – представителей Центральной орды.
В 1557 году царю Ивану IV сообщили о разорении ногайской столицы Сарайчика некими «яицкими казаками». По архивным данным, в 1560 году в окрестности этого города совершили поход «калмаки». Именование казаков в донесениях разными прозваниями может объясняться тем, что во всех случаях речь шла об одних и тех же казаках, и дополнительных разъяснений современникам не требовалось.
В 1562 году Даянов правнук – новый Золотой царь, известный из китайских источников под прозвищем «Ху тухтай – Се цен – хунтайджи» (настоящее его имя до нас не дошло), выступил против казаков пограничья Алтай-Тянь-Шаньского региона, разгромил их и принудил к отступлению сначала до берегов Иртыша, а затем и далее – на Яик, Волгу и Дон. Причинами поражения казаков Центральной орды стали их раздробленность и разногласия по вопросу выборов нового верховного атамана. К тому же многие считали законными притязания наследника Стального Императора по даяновской линии на общее руководство казаками.
О постоянных конфликтах Золотого царя и атаманов Центральной орды сообщает монгольская летопись «Эрденийн эрихэ». В 1577 году царь Абат нанес поражение несогласным казакам в местности Кубкэр-Гэрийн и принудил их частью подчиниться, а частью покинуть свои земли и уйти на запад. В это же время другой восточно-монгольский правитель, Лойхор, также выступил против Центральной орды.
В 1586 году алтайские казаки взбунтовались, убили наместника Золотого царя, «халхасского Субагатая», и попытались восстановить свою самостоятельность. Предприятие окончилось неудачей, и предводители восстания со своими отрядами и семьями были вынуждены отступить на Южный Урал.
Донесение ногайских татар служилых юртов Астраханскому воеводе гласит: «25 августа 1586 г. казаки приходили на Хозячен-Улус и взяли у ногаев казаки ногайских людей половину с трехста душ. А атамана у казаков Матюшей зовут, и было де казаков человек с пять сот. А поставлено де у них на Лике три городки…» Позже ногайцы сообщали: «А казаков ногай де облегли, а казаки де стоят на Лике в крепости, а около воды и суды, и лошади, и всякая животина у них есть…» В том же году яицкие казаки разгромили Хозячен-Улус.