Ревнуя о повсеместной проповеди православия, он заботился об издании и распространении душеполезных книг. При Иове на московском Печатном дворе было издано девять наименований церковных книг. Некоторые из них (Минея общая, Октоих и Служебник) были напечатаны впервые.
Живя в столице и занимая высочайший святительский престол, патриарх не оставлял иноческого подвига: «Постник всегда был, николи же не имея гортани своей никакого покоя ни в брашнах, ни в питии. И всегда алчбу и жажду держал волею. И гладен был, а глас его был во обличение питающимся и упивающимся… И обычая своего яко в нищете убогого иночества, тако и в величестве, и в богачестве патриаршества никак не изменил».
Но за относительно спокойными временами последовало кровавое лихолетье Смутного времени. Не оставив по себе наследника, умер 6 января 1598 года «ангел-царь» Федор Иоаннович. Земский Собор избрал на престол Бориса Годунова. Деятельное участие в его избрании принял Иов, приведший народ к крестному целованию новому самодержцу.
В память о почившем государе святитель сочинил хвалебную «Повесть о житии царя Федора Иоанновича». В этом панегирике он описал не столько то, «что было», сколько то, «что должно было быть».
Патриарх изобразил болезненного и безвольного Федора Иоанновича благочестивым самодержцем и кротким богомольцем, имевшим единственное попечение — «вечных благ насладиться и Небесного Царствия сподобиться». Борис Годунов был совершенно идеализирован как «изрядный правитель» и «великий воевода», украшенный «зело преизрядною мудростью» и «благим разумом».
В 1604 году на западных границах Руси объявился самозванец Лжедмитрий. В нем патриарх узнал своего беглого дьякона и писаря Гришку (Юшку) Отрепьева. Стремясь пресечь действия самозванца, святитель рассылал по всей стране обличительные грамоты: «А тот страдник, расстрига, ведомый вор, в мире звали его Юшком Богданов сын Отрепьев, жил у Романовых во дворе и заворовался. От смертной казни постригся в чернецы, и в Чудове монастыре во дьяконах, да и у меня, Иова патриарха, во дворе для книжного письма побыл во дьяконах же. А после того сбежал с Москвы в Литву».
Иов призывал не потворствовать самозванцу, а выдать властям для наказания. Он предал проклятию тех, «которые государю изменили, а тому вору и богоотступнику последуют и именуют его князем Дмитрием». Но народ был глух к этим воззваниям. Он давно уже ждал прихода «доброго царя», и с этим ничего нельзя было поделать.
Тогда святитель предал анафеме Лжедмитрия и его сообщников как злодеев и еретиков, замышляющих «церкви Божии разорять, и веру христианскую попрать, и учинить в российском государстве во святых Божиих церквах костелы латынские, и люторские, и жидовские». По указу патриарха анафему возглашали во всех храмах.
Неожиданно 13 апреля 1605 года скончался от апоплексического удара царь Борис, оставив престол сыну Федору. При его кончине, ярко изображенной А.С. Пушкиным в драме «Борис Годунов», присутствовал и Иов. Великий классик был верен истории, вложив в уста умирающего самодержца слова:
Но «друзья» не спешили присягать юному Федору Борисовичу. Среди всенародного смятения только Иов сохранял твердость духа и до конца оставался верным Годуновым. Он призвал войско целовать крест царевичу.
Но крестное целование оказалось неискренним, вскоре последовала измена, Федор был вероломно убит, а самозванец вошел в столицу. Святитель отказался признать царем расстригу, своего беглого служку, и разгневанный Лжедмитрий решил свести его с патриаршего престола.
Через несколько дней после убийства царевича Федора мятежники с оружием и дрекольем ворвались в алтарь Успенского собора, где патриарх совершал литургию. Не дав окончить богослужение, они сорвали с Иова ризы и потащили из храма. Боярин Басманов проклинал святителя перед всем народом, называя «Иудой» и виновником «предательств» Годуновых по отношению к «прирожденному государю Дмитрию».
Беснующаяся толпа хотела растерзать старца, но тут раздался крик: «Богат, богат Иов патриарх! Идем и разграбим имения его!» Погромщики оставили архиерея и кинулись грабить патриарший двор, палаты и ризницу.
Измученного Иова в простой иноческой одежде посадили на телегу и повезли в Старицкий Успенский монастырь. Так под конец жизни святитель вернулся в обитель своей юности.