Беда не приходит одна. В это же время углубился раздрай в подмосковном ополчении. Правда, было созвано Земское совешание от 20 городов, приняло своего рода “конституцию”, учредило приказы для решения хозяйственных вопросов, утвердило и обращение к шведскому принцу. Но многие остались недовольны Ляпуновым — мол, с поляками обожглись, теперь еше одного иноземца зовут. Вся администрация осталась на бумаге, нормального снабжения руководители организовать не могли. Если от городов что-то присылали своим отрядам, то казаки были вынуждены “самоснабжаться”, что приводило к грабежам. Усугублялось это тем, что за время Смуты к казакам пристал и числил себя казаками уже невесть кто. Да и пребывание в Тушинском лагере многих развратило. Кончилось тем, что Матвей Плещеев поймал 28 мародеров и “посадил в воду”. Казаки возмутились. Чем и воспользовался Гонсевский, подкинув через некоего Заварзина составленное от имени Ляпунова письмо об истреблении всех казаков, как зачинщиков смут. Его зачитали на кругу, народ забушевал и вызвал Прокопия. Он явился объясняться, отрицал свое авторство, но его и слушать не стали. Накинулись и убили вместе с заступившимся за него Ржевским.
Руководителем ополчения стал Заруцкий, подмявший под себя Трубецкого. Атаман совсем занесся, через послушное ему “правительство” наделял сам себя обширными вотчинами, а присылаемое снабжение перераспределял теперь в пользу казаков, стараясь завоевать у них популярность для реализации дальнейших планов. Пользуясь приходом нижегородского отряда, Заруцкий предпринял штурм Новодевичьего монастыря, где стоял гарнизон противника в 600 чел. Бой длился сутки, нижегородцы и казаки предприняли 8 атак, и остатки защитников сдались — их Заруцкий уберег от истребления для обмена на своих пленных.
Но поблизости рейдировал Сапега. В этот раз его бесчинства превзошли все прежние. “Усмиряя” страхом русский народ, сапежинцы не щадили никого. Зверствовали над каждым, кто попадется. Резали уши и носы, рубили руки и ноги, выжигали глаза, резали ремни из спин, детей жарили, заталкивая в печи. Мужчин и женщин сажали на колья, на горячие угли, баб вешали за груди, ради развлечения забивали в половые органы пороховые заряды и взрывали. Поголовной резне подвергли Александровскую слободу. Толпа женщин и детей заперлась в колокольне, ее обложили бревнами и подпалили, выкурив всех огнем и дымом на смерть и издевательства. Одна девушка, видя такое, взобралась на колокольню и, перекрестившись в виду у всех, бросилась вниз. Слободу сожгли. Сотни людей, раздетых донага и изувеченных, приходили и приползали потом в Троице-Сергиев монастырь.
Сапега подступил к Переяславлю-Залесскому, но был отбит высланным против него из-под Москвы атаманом Просовецким. Две недели продолжались стычки, на штурм поляки не решились. Их шайки опустошили окрестности Ростова, Суздаля, собрали обоз продовольствия и выступили обратно. Земское ополчение было ослаблено потерями в боях, часть ушла с Просовецким, а после убийства Ляпунова стали разъезжаться дворяне. Сапега ударил извне, гарнизон изнутри, и осаду прорвали, овладев Водяными, Чертольскими и Никитскими воротами. Обоз вошел в Москву. Но этот успех был последним в жизни Сапеги — он заболел и через 2 недели скончался. Его головорезов возглавил Будила.
После прорыва сапежинцев полной блокады Кремля и Китай-города больше не было. У Заруцкого не хватало для этого сил. Теперь казаки осаждали Москву только с восточной и южной стороны. Но попробовали другой способ овладеть столицей — 15 сентября установили батарею мортир и стали обстреливать Китай-город калеными ядрами. Одно попало в сарай с сеном, ветер разнес горящие клочья, и заполыхало. Поляки и оставшиеся жители, побросав пожитки, бежали в Кремль. Казаки полезли на стену, но и сами не могли продвинуться из-за моря пламени. А когда оно стало угасать, ударили кремлевские орудия — в руки оккупантов попала вся первоклассная московская артиллерия. Ополченцам пришлось отступить.
Но как выяснилось, выгорел Китай-город очень кстати для осаждающих. К Москве шел Ходкевич. Большое войско собрать он так и не смог, привел 4,5 тыс. гусар и пехоты, и гарнизон был сильно разочарован. Разочарован был и гетман — разместиться в Москве теперь было негде, все защитники и жители сгрудились в помещениях Кремля. Ходкевич задумал решить проблему одним махом — с сапежинцами и частями Гонсевского сила у него набиралась внушительная, до 10 тыс., и он вывел все войско, чтобы покончить с ополчением. Атаковал острожки у Яузских ворот. Однако разгромить русских не смог. Уклоняясь от рукопашной, они осыпали поляков пулями из укреплений, из-за торчавших повсюду печей. Развернуть для удара конницу на пожарище не удавалось, пехота в атаках несла потери. Мало того, когда Ходкевич стал отводить части, казаки нанесли контрудар, отсекли группу всадников, загнали в Яузу и перебили.