В 1580 году, стремясь к более непосредственному духовному опыту, он решил связаться с медиумом.
Сон Ди был нарушен. В его доме по ночам раздавались странные стуки. Ди нанял медиума по имени Барнабас Сол, который утверждал, что может видеть ангелов в своем магическом кристалле, но уволил его через шесть месяцев. В 1582 году он встретил Эдварда Келли, странного человека, который носил скуфейку — очевидно, для того, чтобы скрыть отсутствие ушей, отрезанных в наказание за чеканку фальшивых монет. Келли заявил, что сумел разглядеть архангела Уриила в «зрячем камне» Ди и таким образом положил начало сотням спиритических сеансов. Эти сеансы позволили Ди узнать, как расшифровать речь ангелов, которую он называл енохианским языком.
Начало заката великого мага можно проследить по этой связи с Келли. Человек, чьи мечты об империи помогли сформировать карту мира, с головой ушел в исследования сомнительных эзотерических спекуляций и практик.
Во время своей поездки в Прагу доктор Ди признался императору Священной Римской империи Рудольфу II, что сорок лет занимался поисками того, что ему хотелось узнать, но не смог найти этого ни в одной книге. Поэтому он решил призвать ангелов и попросить их ходатайствовать за него перед Богом, чтобы тот разрешил ему спросить о тайнах творения. Он сказал Рудольфу, что использовал для этой цели камень. Кроме того, Ди добавил, что всегда спешит удостовериться в том, что духи, с которыми он общается, имеют добрую, а не демоническую природу.
Был ли Келли всегда таким же скрупулезным? Соратники похвастались Рудольфу, что могут превращать в золото основные металлы. Когда им не удалось этого сделать, они были вынуждены бежать. По-видимому, Келли к этому времени помыкал своим старшим компаньоном. Об этом можно судить хотя бы по тому, что он вынудил Ди ПОЙТИ на унизительный обмен женами. Многие подозревали Келли в мошенничестве и в том, что он лишь делает вид, будто получает ответы на свои призывы к духам.
В 1590 году Келли получил сообщение на енохианском языке, которое, по-видимому, так его напугало, что он сразу разорвал отношения как с духами, так и с Джоном Ди. В переводе с ангельского языка на английский это послание звучит следующим образом: «Лев не знает, куда я иду, и ни один из полевых зверей не понимает меня. Я лишилась девственности, и все же я девственница; я освящаю, хотя сама не освящена. Счастлив тот, кто обнимает меня, поскольку ночами мои губы слаще самой жизни. Я шлюха для тех, кто ласкает меня, и девственница с теми, кто меня не знает. Очистите ваши улицы, о, вы, сыны человеческие, и вымойте ваши дома…» Может быть, Келли увидел в этом послании Вавилонскую Блудницу Апокалипсиса и свидетельство близкого конца света?