Чёрная понемногу из разных источников, он выработал свою христианско-гностическую доктрину и под именем Параклеита начал проповедовать новое учение при дворе персидского царя Шапура I. Со своими проповедями он обошёл многие города и страны, добрался до границ Индии и Китая, где познакомился с даосами и буддийскими монахами. Именно в это время он угодил в рабство, откуда его выкупила богатая вдова. Этот факт биографии (возможно, вымышленный) так подействовал на воображение его последователей, что они прозвали своего пророка «сыном вдовы», а вскоре так же стали называться и сами сектанты. На какое-то время Мани совершенно исчез из их поля зрения, удалившись в пещеру, где питался одной травой.
В конце царствования Шапура I Мани вновь возвратился в Персию, где в марте 276 г. был распят по наущению местных магов. Последний факт биографии принёс мятежному проповеднику ореол мученичества.
Мани приписывают несколько религиозных трактатов, из которых наибольшей популярностью у манихеев пользовались «Книга гигантов» и «Шахнуракано», в которых он изложил свои космогонические представления.
Учение Мани пессимистично, т. к. излагает идею об изначальности и непреоборимости зла, которое является началом столь же самостоятельным и исконным, как и добро. Связывая зло с материей, а добро со светом и духом, Мани, однако, не считал тьму или материю следствием угасания света; в манихействе царство тьмы как равное противостоит царству света. Мировая история — борьба света и тьмы, добра и зла, Бога и дьявола. Человек двойственен: творение дьявола, он сотворён всё же по образцу небесного «светлого первочеловека». Евангельский Христос был лже-Христом. Настоящий Христос не воплощался и не сочетал в себе естество Бога и человека. После Христа был прислан Мани — параклет (утешитель) — главный из посланцев Царства Света.
Основополагающее принципы манихейства: защита души от всякой телесной скверны, самоотречение и воздержание, постепенное преодоление пут материи и окончательное освобождение заключённой в человеке Божественной сущности. Здесь Мани вплотную приблизился к индобуддистским представлениям о конечном слиянии освобождённой души с Абсолютом. Столь же сходны с буддистскими и налагаемые на манихеев запреты: мясо, вино, чувственные удовольствия и т. п.
Последователи Мани делились на два резко разделённых класса: «избранных» и «слушателей». Последние только обязывались воздерживаться от идолопоклонства, лжи, волхвования и пролития крови, тогда как жизнь «избранных» была опутана бесчисленными табу. Община «избранных» строилась на принципе пятиступенчатой иерархической пирамиды. На вершине находились «учители кротости», затем шли «сыны видения» — епископы, «сыны разума» — пресвитеры, «сыны тайны» и аудиторы. Августин называет 12 учителей и 72 епископа, остальных «избранных» было также не очень много.
Культ манихеев отличался строгостью, простотой и состоял из молитв и песнопений. Это обстоятельство облегчало тайное распространение учения секты. Основная мистерия «сынов вдовы» посвящалась распятому вероучителю и приходилась на март. Позднее, под влиянием христианства, манихеи стали справлять обряды, похожие на крещение и причащение, что ещё более помогло им приспособиться к обрядам официальной церкви.
Сектанты, спаянные строгой дисциплиной и тайными ритуалами, выступали под знамёнами изначального христианства, которое будто бы хотели восстановить во всей его чистоте. Но римская церковь сразу же ополчилась на сектантов, пришедших из Персии. Кодекс, принятый при римском императоре Феодосии I (379–395), наполнен многочисленными законами, против манихеев, которых преследовали по всей империи. В конце IV в. манихеи появились в Испании и на севере Африки. Мать византийского императора Анастасия I (491–518) покровительствовала сектантам. В этот период манихеи распространились по всей Византии, но последовавшие вскоре гонения заставили их уйти в подполье.
Переменив название, место и эмблематический язык, секта манихеев в дальнейшем распространилась по Болгарии (богомилы), Ломбардии (патерийцы), Франции (катары, альбигойцы и пр.), соединилась с сарацинами, открыто вела войну с императором, и последователи её погибали тысячами в сражениях и на костре. От её столетнего ствола произошла так называемая ересь Гуситов и Виклифитов, проложивших путь протестантству.