На протяжении всего времени пребывания на посту директора, а особенно в первый год, Уильям Кейси реорганизовывал, оживлял и переориентировал ЦРУ. Ему досталась со времен его предшественника Стэнсфилда Тэрнера раздробленная организация. К приходу Кейси в Управлении было 14 000 сотрудников, с бюджетом около 1 миллиарда долларов. Это означало, что организация не могла вести слишком активную деятельность. Тэрнер был технократом, глубоко верившим в шпионские спутники и электронную разведку. Он очень скептически относился к успешности и целесообразности участия людей в акциях, а также к тайным операциям. За четыре года своего директорства он ликвидировал около 820 тайных должностей. Нравственное состояние действующих агентов было очень низким. Несмотря на то что ЦРУ слыло всемогущей организацией, в начале 1981 года это была слабая и нерезультативная структура. «Там, где нам нужны были первоклассные агенты, мы их совсем не имели, — вспоминал один из сотрудников. — Мы не могли проводить секретных операций даже за углом в магазине, а не то что там, за «железным занавесом».
Джон Пойндекстер вспоминает: «В те давние годы нам была известна общая мощь Советской Армии, но мы не имели понятия о том, что происходит в Политбюро. У нас также были малые возможности заниматься тайными операциями».
По мнению Кейси, за эту ситуацию отчасти был ответственен конгресс. Во время слушаний 13 января Кейси напрямую сообщил сенату, что планирует свести к минимуму ограничения, наложенные на ЦРУ. «С какого-то момента жесткая подотчетность может помешать исполнению задач», — сказал он. Когда Кейси вышел, лишь немногие сомневались, что страна перешагнула Рубикон. (К началу лета Кейси значительно сократил число сотрудников управления, чьей задачей являлось информировать конгресс о деятельности ЦРУ.)
Оставались моральные проблемы. На счету ЦРУ был ряд достаточно позорных акций, таких, как допросы Комиссии церквей, чистки времен Тэрнера, программа «Феникс» во Вьетнаме, неудачные попытки покушения на Фиделя Кастро, слежка за противниками войны во Вьетнаме. Уильям Кейси хотел, чтобы в активе Управления больше таких дел не было. «Трудности последних десяти лет уже позади, — написал он памятку для своих сотрудников в начале 1981 года. — Пришло время ЦРУ вернуться к традиционной секретности при проведении своих операций».
Новый директор был удивлен, что ему в наследство достались столь немногочисленные источники разведданных. «Билл был поражен, — вспоминает его ассистент Герб Мейер. — Ведь мы все же были лидерами свободного мира, но не располагали ни одним агентом высокого класса там, на месте, в Советском Союзе. Помня свой опыт в Управлении стратегических служб, он не принимал никаких объяснений, почему дело дошло до такого состояния».
Военные годы оказали значительное влияние на взгляды Билла Кейси, касающиеся методов ведения соревнования между народами, экономических войн, а также успеха секретных операций. В 1944 году войска союзников готовились к наступлению на немцев. Проблема заключалась в том, что они располагали немногочисленным отрядом разведчиков на немецкой территории. У них были агенты в Италии, Франции, Северной Африке и даже в Центральной Европе, поставлявшие немало ценной информации, спасавшие жизни сотен и тысяч людей и помогавшие союзникам в их войне против немецкой армии. Но в самой Германии их агентурная сеть была более чем скромной. У них там не было агентов и даже перспективы создания шпионской сети. Командование союзников обратилось с этой проблемой к «Дикому Биллу» Доновану, директору Управления стратегических служб. К их удивлению, он перепоручил проведение этой очень важной и тонкой операции тридцатидвухлетнему бывшему лейтенанту военно-морского флота по имени Уильям Кейси. Лейтенант в 1943 году стал консультантом Управления по вопросам экономической войны. По словам самого Кейси, его работа заключалась «в точном определении наиважнейших хозяйственных арсеналов Гитлера и в поисках способа блокады, выкупа и прочих методах экономической войны». Эта работа казалась Кейси достаточно интересной, но он мечтал о большей активности. Так в 1943 году после предварительного разговора с полковником Чарльзом Вандербилем, сотрудником Управления стратегических служб, он подписал с ним договор и через год был назначен Донованом руководить разведкой в Европе.