При знакомстве с мемуарами председателя КГБ читателю следует также иметь ввиду затяжного конфликта И. А. Серова с министром госбезопасности СССР В. С. Абакумовым. В связи с чем Серов даже просил защиты лично у Сталина. И, как следствие этого конфликта, пережитые Серовым унижения и опасения, при его немалых амбициях и эгоцентризме, не могли не сказаться на его отношении и к Абакумову, и к его подчиненным, на объективности приводимых им в мемуарах оценок. Впрочем, он в своих воспоминаниях не отзывался объективно практически ни о ком из своих многочисленных сослуживцев.
Нельзя не отметить и того факта, что В. С. Абакумов объективно показал себя талантливым организатором и руководителем военной контрразведки. К числу его важных инициатив следует, в первую очередь, отнести разработку в кратчайшие сроки ряда инструктивно-методических документов для действий оперативного состава подчиненных органов: «Инструкции по организации ведения радиоигр с противником» (объявлена директивой ГУКР НКО от 16 июля 1943 г.) и «Инструкции по организации розыска агентуры разведок противника» (директива ГУКР НКО от 9 сентября 1943 г.). Данные документы были призваны, с учетом приобретенного уже в ходе Великой Отечественной войны опыта, рационализировать работу военных контрразведчиков, что способствовало повышению ее эффективности и результативности.
Отныне уже не 2-е управление НКВД, а ГУКР рассылал в подчиненные органы, а также в НКВД и НКГБ СССР, ориентировки по розыску выявленных агентов немецких, финских и иных разведорганов, действовавших на советско-германском фронте.
К числу важных информационно-аналитических документов, подготовленных в кратчайшие сроки ГУКР, следует отнести и сборники справочных материалов «Органы германской разведки, действующие на советско-германском фронте» (август 1943 г.) и аналогичный справочник об органах финской разведки (март 1944 г.), которые также широко использовались в работе НКВД и НКГБ.
Хорошее знание противника позволяло военным контрразведчикам не только вести с ним радиоигры и осуществлять дезинформационные мероприятия, но и проводить операции по агентурному проникновению в его разведорганы, обеспечивавшие упреждающее выявление агентуры, официальных сотрудников и готовившиеся операции этих спецслужбы.
Добывавшиеся военными контрразведчиками сведения позволяли им так заводить оперативные разработки на конкретные разведывательные, контрразведывательные и карательные органы противника, действовавших на временно оккупированной советской территории в зоне ответственности УКР соответствующих фронтов, готовить и проводить при наступлении советских войск мероприятия по захвату их личного состава, агентуры, зданий и документов. Причем первоначальная информация об интересующих военную контрразведку объектах в тылах неприятельских войск в ГУКР поступала как от 4-го (зафронтового) управления НКВД, так и его территориальных органов, а также добывалась самими военными контрразведчиками в процессе оперативной работы.
Следует также отметить, что контрразведывательную работу по установлению мест дислокации карательных, диверсионно-разведывательных органов, штабов и административных учреждений оккупантов, розыску оставленных на «оседание» на освобождаемой советскими войсками территории агентов противника, начинали подвижные оперативные группы военной контрразведки соответствующих фронтов.
И только затем на смену военным контрразведчикам прибывали оперативные группы республиканских или областных управлений НКВД-НКГБ, из числа сотрудников которых формировались новые территориальные органы госбезопасности, продолжавшие работу по розыску агентуры противника, карателей, коллаборационистов и иных пособников оккупантов, вскрытию и документированию карательных акций и иных преступлений оккупационных властей против гражданского населения.
Но на освобождаемых от германской оккупации территориях европейских государств весь круг контрразведывательных задач был возложен на органы «Смерш».
Вся добывавшаяся органами военная контрразведки информация, в том числе включая сообщения зафронтовой агентуры, допросы подозреваемых, поступала в ГУКР и нередко она докладывалась Абакумовым Сталину или о ней информировались члены ГКО. Вследствие отмеченных обстоятельств, с середины 1943 г. ГУКР стало основным поставщиком контрразведывательных сведений для ГКО, что, безусловно, не могло не сказываться на авторитете его руководителей, и, прежде всего, В. С. Абакумова.
Военная контрразведка также оказывала существенную помощь территориальным органам госбезопасности путем систематического направления «ориентировок по розыску выявленных агентов противника», содержавших установочные данные и приметы, иные сведения, необходимые для организации оперативного розыска подозреваемых. Такое повседневное практические взаимодействие в целом значительно повышало эффективность деятельности органов контрразведки в стране в целом.