К сожалению это нельзя сказать про контрразведку военного времени. Она как и тайная разведка была оставлена Главным управлением Генерального штаба на произвол судьбы. В особенно тяжелом положении оказались вновь сформированные штабы тыловых военных округов на театре военных действий.
Ставка Верховного главнокомандующего обращала на контрразведку столько же внимания, сколько и на тайную разведку, то есть предоставила им обеим работать по их собственному усмотрению, без общего руководства. Между тем война изъяла контрразведывательные отделения штабов армий и военных округов на театре военных Действий из подчинения Главного управления Генерального штаба, предоставив наблюдение за их работой штабам фронтов и отдельных армий. Лишь в начале 1915 года Ставка спохватилась и 15 февраля этого года генерал-квартирмейстер при Верховном главнокомандующем в циркулярном письме на имя генерал-квартирмейсторов фронтов рисует печальную картину работы контрразведки армий и военных округов на театре военных действий в таких выражениях: «По-видимому основы «Положения о контрразведывательных отделениях» ими не соблюдаются и многие из таковых отделений как сформированные с объявлением мобилизации или даже после ее, как о том доходят сведения, вовсе этих Положений не имеют».
Только 6 июня 1915 года Верховный главнокомандующий утвердил новое «Наставление по контрразведке в военное время». Таким образом почти весь первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать, спустя рукава.
Статья 1-я вышеназванного «Наставления» говорит, что «общая цель контрразведки заключается в обнаружении, обследовании, разработке и ликвидации в кратчайший срок <…> всякого рода шпионских организаций и агентов, тайно собирающих сведения о наших вооруженных силах и вообще всякого рода сведения военного характера, дабы воспрепятствовать этим организациям и агентам действовать нам во вред».
В статье 33-й «Наставления» говорится, что
«контрразведка, всеми мерами стремясь к достижению общей цели, указанной в статье 1-й, <…> в частности должна:
а) ограждать войска, штабы, управления и заведения, обслуживающие армию, от проникновения в них агентов противника;
б) освещать по получении особых указаний генерал — квартирмейстера личный состав штабов, управлений, учреждений и заведений;
е) заблаговременно обнаруживать подготовляющиеся забастовки на заводах и фабриках, изготовляющих необходимые для армии и флота предметы и материалы».
Согласно статье 4-й «Наставления» контрразведывательное отделение Главного управления Генерального штаба, являясь в отношении контрразведки высшим регистрационным органом и отчетным учреждением для театра военных действий и всего государства, выполняет также, по указанию начальника Генерального штаба, особые поручения внутри Империи и за границей.
Остальные девяносто статей «Наставления» мало чем отличаются от «Положения о контрразведывательных отделениях» мирного времени и касаются техники и регистрации работы. Главный недостаток этого «Наставления» — отсутствие органа для руководства всей контрразведкой вообще и на театре военных действий в частности, ибо Ставка этим делом совсем не занималась; Главное же управление Генерального штаба являлось лишь регистрационным и отчетным учреждением, а не руководящей инстанцией.
Насколько контрразведка во время Великой войны была в загоне видно хотя бы из того, что контрразведывательное отделение для охраны самой Ставки, а впоследствии и Государя Императора было сформировано лишь после принятия Его Величеством на Себя Верховного Командования. Это обстоятельство конечно было учтено врагами И 1ераторской России, несомненно имевшими там свои уши. В изданной Михаилом Лемке в 1920 году в Петрограде книге-дневнике «250 дней в Царской Ставке (25-го сентября 1915 года — 2-го июля 1916 года)» автор ее штабс-капитан запаса, переводчик в Ставке совершенно откровенно говорит о том, как он использовал доверчивость и халатность чинов Ставки до генерала Алексеева включительно, чтобы похищать секретные военные документы. Он копировал их почти что на глазах у всех и ежедневно в казенных пакетах отправлял их в Петроград с фельдъегерями.