В ходе подготовки диверсантов ему вместе с Маклярским довелось инструктировать молодого сотрудника Игоря Щорса, поступившего на службу в НКВД в 1940 году. В итоге они снабдили его документами и устроили на работу главным инженером водного хозяйства в пригороде Москвы, недалеко от сталинской дачи. В случае занятия этого района немцами ему надлежало использовать системы водопровода и канализации для диверсий и укрытия агентов. В результате бомбардировок часть водопроводных труб оказалась поврежденной, и это мешало нормальной подаче воды на дачу Сталина. Щорс руководил ремонтными работами, которые вели сотрудники охраны, аварию удалось быстро ликвидировать за три часа. Его наградили орденом «Знак Почета», но получить эту награду он не смог, так как она была присвоена человеку, чьи документы Щорс использовал для устройства на работу, а в то время нельзя было раскрыть его настоящее имя. В 1945 году Щорса послали в Болгарию, где он должен был обеспечить добычу и отправку урана в Советский Союз для нашей атомной промышленности.
После ареста моего отца в 1953 году он узнал, что обвиняется еще и в том, что планировал использовать мины, установленные на правительственных дачах, для уничтожения советских руководителей. Следователи заявляли, что мины могут быть приведены в действие дистанционным управлением по приказу Берия для уничтожения преемников Сталина. Все это было грубым вымыслом. Но так было.
В октябре 1941 года Москве грозила серьезная опасность. Большинство аппарата НКВД и семьи его сотрудников были эвакуированы на восток. Те, кто оставался в Москве, переехали с Лубянки в помещение Пожарного училища, располагавшегося в северном пригороде столицы возле штаб-квартиры Коминтерна. Отец сидел в комнате с Серовым, Чернышевым и Богданом Кобуловым, заместителями Берия. Это был запасной пункт командования силами НКВД, созданный на случай боевых действий в городе, если бы немцы прорвали нашу оборону.
В эти дни по приказанию Берия отец занимался комплектованием разведсети в Москве. Было создало три независимые друг от друга разведывательные сети. Одной руководил его старый приятель с Украины майор Дроздов (позднее он получил звание генерала). В целях конспирации его сделали заместителем начальника Аптечного управления Москвы. Он должен был в случае занятия Москвы поставлять лекарства немецкому командованию и войти к нему в доверие. В Москве его не знали, так как он был назначен заместителем начальника московской милиции всего за несколько месяцев до начала войны.
Очень большую работу по подготовке московского подполья и по мобилизации агентуры для противодействия диверсиям немцев в Москве проводил Федосеев — начальник контрразведывательного отдела Управления НКВД по Москве. По линии разведки за эту работу отвечали Маклярский и Масся. Одним из подпольщиков, на котором остановил свой выбор Берия, был Павел Яковлевич Мешик. В 1953 году его — министра внутренних дел Украинской ССР — расстреляли вместе с Берия. Помимо этих двух агентурных сетей, была создана еще одна автономная группа, которая должна была уничтожить Гитлера и его окружение, если бы они появились в Москве после ее взятия. Эта операция была поручена композитору Книпперу, брату Ольги Чеховой, и его жене Марине Гариковне. Руководить подпольем должен был Федотов — начальник Главного контрразведывательного управления НКВД.
В разных книгах, в частности в мемуарах Хрущева, говорится об охватившей Сталина панике в первые дни войны. Однако мой отец утверждал, что не наблюдал ничего подобного. Сталин не укрывался на своей даче. Опубликованные записи кремлевского журнала посетителей показывают, что он регулярно принимал людей и непосредственно следил за ухудшавшейся с каждым днем ситуацией. С самого начала войны Сталин принимал у себя в Кремле Берия и Меркулова два или три раза в день. Обычно они возвращались в НКВД поздно вечером, а иногда передавали свои приказы непосредственно из Кремля.
«Мне казалось, — вспоминал отец, — что механизм управления и контроля за исполнением приказов работал без всяких сбоев. И Эйтингон, и я жили глубокой верой в конечную победу над немцами, что в немалой степени объяснялось тем, как спокойно, по-деловому осуществлялось ежедневное руководство сверху. Должен заметить, что иногда было чрезвычайно трудно выполнять получаемые приказы. Когда в октябре 1941 года меня вызвали в кабинет Берия, где находился Маленков, и приказали заминировать наиболее важные сооружения в Москве и на подступах к ней, такие, как главные железнодорожные вокзалы, объекты оборонной промышленности, некоторые жилые здания, некоторые станции метрополитена и стадион «Динамо», взрывчатка должна была быть готова уже через двадцать четыре часа. Мы трудились круглые сутки, чтобы выполнить приказ. А Маленков и Берия в это время без отдыха, спокойно, по-деловому работали в НКВД на Лубянке».