Еще больше Ховарда удивило то, что его рабочие волы (обычная тягловая сила в сельском хозяйстве Индии), питавшиеся только травой с его плодородных земель, никогда не болели ящуром, чумой, заражением крови и другими заболеваниями скота, которыми часто страдали животные на современных экспериментальных станциях. «Я никогда не изолировал своих животных, - писал он, - и не делал им профилактических прививок; они часто контактировали с больными животными. Мой маленький участок в Пузе был отделен лишь низеньким забором от крупной животноводческой базы, где часто наблюдались вспышки ящура. Я часто видел, как мои волы трутся носами с заболевшими животными. И ничего не случалось. Здоровые животные на хорошем питании просто не реагировали на эти болезни так же, как и соответствующие виды культурных растений при правильном выращивании не страдали от насекомых и грибков-вредителей - заражения не происходило».
Ховард понял, что поддержание плодородия почвы является залогом успеха борьбы с болезнями животных и растений, а для дальнейшей работы на опытной станции в Пузе необходимо обеспечить высочайшее плодородие почв. Для этого он решил перенять многовековую китайскую практику и разработать систему полной утилизации всех отходов сельского хозяйства для превращения их в гумус.
К сожалению, пока эта идея зрела у него в голове, организация сельскохозяйственных исследований в Пузе приняла следующий вид.
Был создан ряд совершенно изолированных отделов - селекции растений, микологии, энтомологии, бактериологии, химии и практического сельского хозяйства. У всех появились свои интересы, каждый начал стремиться к процветанию своего отдела, забыв о его предназначении. При такой жесткой организационной структуре ученым не позволялось вести всесторонние исследования плодородия почвы в одиночку и иметь полную свободу действий. Все предложения Ховарда подразумевали «вторжение» в чужие владения - что вызывало отторжение как у чиновников, контролировавших потоки финансирования, так и у коллег-специалистов, которые никогда не отличались особой доброжелательностью.
Тогда Ховард собрал необходимые средства, чтобы начать работу в новом месте. Этим местом стал Институт растениеводства в Индоре, в 450 км на северо-восток от Бомбея, где Ховард получил полную свободу действий. Основной культурой в окрестностях Индора был хлопок, выращивание которого требовало поддержания высокого плодородия почв. Поэтому исследования Ховарда снова стали востребованными. Он разработал технологию производства гумуса, впоследствии названную «методом Индора». Через некоторое время урожайность его хлопка уже в три раза превышала урожайность у соседних фермеров, к тому же его хлопок был практически неуязвим для болезней. «Эти результаты, -писал Ховард позже, - еще раз подтверждают справедливость выработанного мной принципа: на здоровой почве растут здоровые растения; как только состояние земли ухудшается, тут же появляются болезни». Ховард был твердо убежден, что в его деле главное поддерживать правильную структуру почвы и никогда не истощать землю чрезмерными запросами.
На основе своих наблюдений и находок Ховард написал книгу «Отходы сельского хозяйства: превращение в гумус» (The Waste Products of Agriculture: Their Utilization as Humus), которую публика встретила довольно дружелюбно и даже с энтузиазмом. Чего не скажешь об ученых, работающих с проблемами хлопка в исследовательских центрах по всей Британской империи. Они приняли книгу Ховарда крайне враждебно. Успехи метода Ховарда шли вразрез с общепринятым постулатом, что повысить урожайность и качество волокон хлопка способна только селекция, & болезни можно устранить лишь непосредственным использованием пестицидов.
К тому же остро встал вопрос времени. Кто может позволить себе терять несколько лет и восстанавливать плодородие земли? Ведь для этого вместо химических удобрений нужно пользоваться долгосрочным «методом Индора» для получения компоста, смеси перепревших животных и растительных остатков в пропорции 3:1. Ховард прекрасно понимал всю угрозу для общепринятой системы: «Широкомасштабное производство компоста может стать революционным методом и представлять серьезную угрозу системе, и даже существованию исследовательских организаций, пытающихся решить сложные и многогранные биологические проблемы вроде выращивания хлопка своим разрозненным и фрагментарным методом».
Специалисты по другим видам сельскохозяйственных культур по всей империи были так же непреклонны, как и «хлопковые» ученые, тем более что их щедро финансировали воротилы нарождающейся индустрии пестицидов и искусственных удобрений.