Уже избрав путь в авангардном искусстве, Климт бился над заказом, полученным в более консервативный период. В 1892 году министерство образования пригласило "Компанию художников" расписать аллегорическими сценами потолок парадного зала Венского университета. Переговоры, затянувшиеся на несколько лет, не позволили приступить к работе сразу же (а пока суть да дело, распалась и сама "Компания художников"), тем не менее Климту предложили создать аллегории Юриспруденции, Философии и Медицины. Когда между 1900 и 1903 годами Климт выставил готовые работы, стало ясно, что они выполнены в новом, поразительном стиле. "Медицина", например, являла водоворот обнаженных фигур, корчащихся и стенающих в агонии, а с переднего плана на зрителей властно взирала древнегреческая богиня врачевателей Гигея, руку которой обвивала змея.
Какова была реакция? Визги, вопли — словом, ужас. В прессе разразилась настоящая битва, комиссия по художественной политике провела официальное заседание, вопрос о работах Климта был вынесен на обсуждение в австрийский парламент. Климт пытался оставаться над схваткой и даже в 1904 году письменно отказался от контракта. Но в восприятии общества он превратился в радикала, не желающего потакать вкусам публики.
Такую репутацию в целом не назовешь губительной. Обеспеченные представители интеллигенции (часто евреи-коллекционеры, менее склонные к сохранению сложившегося положения вещей, чем их христианские соседи) приветствовали Климта и приглашали писать портреты своих жен. Очевидно, их не волновало, что фигуры на портретах имеют весьма отдаленное сходство с их супругами. Взять хотя бы знаменитый портрет Адели Блох-Бауэр. Бледная дама с темными волосами и румяными щеками глядит на зрителя с непроницаемым выражением лица (скучает? или задумала кого-то соблазнить?). Все прочее на картине — золотой вихрь и загадочная символика, поскольку Климт в то время пристрастился к золотой краске и щедро накладывал ее на холсты.
В качестве объектов изображения Климт, безусловно, предпочитал женщин. Если в его картину затесался мужчина, то его лицо обычно скрыто или спрятано. В "Поцелуе", самой прославленной работе художника, мужчина склонился над женщиной, и его лицо повернуто прочь от зрителя, когда он прижимается губами к ее щеке. Женщина, наклонив голову под неестественно прямым углом, кажется, теряет сознание в его объятиях. Обе фигуры, одетые в золото, стоят на коленях средь цветов.
Многие современные критики, особенно искусствоведы-феминистки, порицают манеру Климта изображать женщин как пассивный объект мужского желания; они отмечают, что мужчина в "Поцелуе" доминирует над женщиной, вынужденной жаться к нему в поисках опоры. Однако зрители в основном интерпретируют эту картину просто как изображение страстной любви в фантастическом золотом мире, усыпанном цветами.
С 1910 года Климт начал отходить от перегруженного декоративностью стиля. На втором портрете Адели Блох-Бауэр, написанном в 1912 году, экстравагантного золота уже нет; теперь Климту важнее цвет: облаченная в белое Адель изображена на фоне синих, зеленых и розовых цветовых пятен. К сожалению, Климту не хватило времени выработать новый стиль. Разразившаяся Первая мировая война ограничила возможности для творчества, а 11 января 1918 года Климта настиг инсульт. Частично парализованного, его поместили в больницу, где у него развилась пневмония, и 6 февраля он умер.
В первые годы после смерти Климта его искусство продолжало оказывать влияние на художников, принадлежавших к течению в искусстве, которое получило название "модерн" (или ар-нуво, или югендштиль), но следующее поколение модернистов не жаловало декоративность, и Климта оттеснили. Его популярность оставалась довольно умеренной вплоть до аукционной продажи в 2006 году "Портрета Адели Блох-Бауэр", когда СМИ взахлеб повторяли имя Климта (135 миллионов долларов неизбежно привлекают внимание мировой общественности). Не все эксперты были этим довольны. Когда в запале было сказано, что картина стоит даже больше этой суммы, критик из лондонской газеты "Гардиан" огрызнулся: "Больше чего? Уж конечно, не денег. И вообще, за что заплатили? За золото, которое можно соскрести с нее?"
Густав Климт никогда не был женат, несмотря на многочисленные романы — ему приписывают от трех до сорока внебрачных детей. В его наиболее длительных и близких отношениях с женщиной секс, возможно, вообще отсутствовал.