Князь Антон умер в 1795 году, его сменил Миклаш II, решивший возродить музыкальную славу дома Эстерхази. Поскольку этот Миклаш Эстерхази, в отличие от своих предшественников, не собирался жить в деревенской глуши, Гайдн вернулся на службу — скорее, из любезности, чем по причине искреннего рвения. В эти годы Гайдн работал над ораториями «Сотворение мира» и «Времена года», которые ныне считаются его лучшими работами: изобретательность композитора и красота произведений действительно бесспорны. С наступлением нового, девятнадцатого века Гайдна оставили и силы, и здоровье. Его последние годы были омрачены жестокостями войны между Австрией и наполеоновской Францией. 12 мая 1809 года французы начали мощную бомбардировку Вены, пушечные ядра падали в нескольких метрах от дома Гайдна. Столица Австрии скоро капитулировала, однако французы поставили у порога Гайдна почетный караул. Он умер 31 мая, сразу после полуночи.
Поскольку вокруг бушевала война, Гайдна хоронили второпях. Однако в 1814 году князь Миклаш II испросил разрешения перевезти прах композитора в поместье Эс- терхази в Айзенштадте. Тело эксгумировали, но когда официальные представители открыли гроб, они к своему ужасу обнаружили, что у тела отсутствует голова.
К охоте за головой Гайдна приступили немедленно. И выяснилось, что два страстных энтузиаста френологии — науки, ныне почившей, но весьма популярной в девятнадцатом веке (френология претендовала на определение свойств личности по шишкам на черепе), — подкупили могильщика, с тем чтобы заполучить голову композитора. Эти двое горе-френологов, Розенбаум и Петерс, хранили череп Гайдна в сделанном на заказ черном ящике.
Когда тело без головы привезли в Айзенштадт, князь Эстерхази почувствовал себя глубоко оскорбленным. Он приказал полицейским обыскать дом Петерса, но позднее узнал, что жена Розенбаума спрятала череп в соломенном матрасе и во время обыска возлежала на кровати, притворяясь, будто спит. В итоге князь заплатил Розенбаумам, и в обмен на внушительный чек они отдали ему череп — по их уверениям, подлинный.
В конце концов череп Гайдна оказался в одном из венских музеев, где и пролежал до 1954 года, когда князь Пал Эстерхази воссоединил тело композитора с головой в захоронении, которое находится в австрийском городе Айзенштадте (земля Бургенланд). Так, спустя 131 год, Гайдн опять обрел целостность.
Иоганн Матиас Франк, родственник и опекун малолетнего Гайдна в Хайнбурге, руководил местным оркестром, игравшим на городских праздниках и похоронах. Внезапная кончина ударника поставила Франка в весьма затруднительное положение, и ему ничего не оставалось, как наскоро научить семилетнего Гайдна, обнаружившего раннюю музыкальную одаренность, играть на барабане. Но беда была в том, что барабан оказался слишком тяжел для маленького мальчика. Сметливый Франк нашел горбуна, согласившегося привязать барабан себе на спину, и юный Гайдн весело и налегке маршировал по улицам Хайнбурга, отбивая ритм на горбуне, шествовавшем перед ним.
Гайдн познакомился с Моцартом в Вене в 1781 году, и они сразу подружились, несмотря на разницу в возрасте, составлявшую 24 года. Каждый признавал за другим подлинный музыкальный талант. Моцарт утверждал, что искусству струнных квартетов он выучился у Гайдна, а Гайдн однажды объявил отцу Моцарта: «Скажу вам по чести и призываю Господа в свидетели, ваш сын — величайший из всех известных мне композиторов».
Моцарт умер, когда Гайдн находился в длительной отлучке в Лондоне. Поначалу Гайдн отказывался верить в смерть друга, надеясь, что это всего лишь ложные слухи. Но печальное известие подтвердилось, и Гайдн впал в глубокую скорбь. Много лет спустя, в 1807 году, когда кто-то из приятелей заговорил о Моцарте, Гайдн разрыдался. «Простите, — сказал он, — каждый раз, когда я слышу имя Моцарта, я должен, должен его оплакать».
В 1759 году, получив первую прибыльную должность в качестве домашнего музыканта у графа Карла фон Морцина, Гайдн был довольно молодым человеком, чья профессиональная занятость и высокие моральные устои до той поры оберегали его от знакомства с радостями плоти.
Однажды, когда Гайдн сидел за клавесином, хорошенькая графиня фон Морцин наклонилась, чтобы взглянуть на ноты, по которым он играл, и девственнику Гайдну открылся великолепный вид на декольте графини. Музыканта бросило в жар, и он прекратил играть. Графиня осведомилась, в чем дело, и Гайдн воскликнул: «Но, Ваше сиятельство, от такого зрелища любой опустит руки!»