При вступлении в брак Филипп получил от отца Неаполитанское королевство и Миланское государство. Но английский парламент не согласился на его коронацию, и Филипп остался для англичан только мужем королевы. Тем не менее угроза поглощения Англии огромной державой Габсбургов стала весьма реальной.
Еще в январе 1554 года вспыхнуло восстание, возглавлявшееся Томасом Уайетом и другими протестантскими дворянами. Повстанцы ворвались в Лондон и были разгромлены только после ожесточенного боя с королевскими войсками. Уайет пытался заручиться поддержкой Елизаветы, сестры королевы. Молодая принцесса, которую опыт научил осторожности, ничего не ответила на посланное ей письмо. Все же она и еще один возможный претендент на корону — виконт Куртней — были отправлены в Тауэр.
Современники передавали даже, будто комендант Тауэра сэр Джон Бриджес получил приказ о казни Елизаветы. Приказ был скреплен печатью, но на нем не было подписи Марии, и Бриджес поэтому отказался его исполнить. Комендант отправился к королеве, которая заявила, что ей ничего не известно о приказе, и вызвала своих приближенных — епископа С. Гардинера и других, упрекая их, что они действовали без ее санкции.
Если эта история соответствует действительности, то к фабрикации фальшивого приказа мог приложить руку и влиятельный посол императора Симон Ренар. Он считал, что Елизавета волей-неволей станет сосредоточением сил протестантской партии. Посол настаивал на казни Елизаветы, но Мария решила ограничиться высылкой ее из Лондона — не было никаких доказательств того, что принцесса поощряла повстанцев. Правда, был обнаружен французский перевод письма Елизаветы королеве в перехваченной французской дипломатической почте. Но сама ли принцесса передала копию своего письма французам? Не являлось секретом, что окружение королевы кишело шпионами. Французский посол Антуан де Ноай даже женился на одной из фрейлин Елизаветы для того, как подозревали, чтобы получить доступ к переписке принцессы. Антуан де Ноай и назначенный ему в помощь также послом его брат Франсуа — представители католического короля Франции — сразу же стали активно поддерживать протестантскую партию в надежде ослабить испанское влияние.
Французский король Генрих II решил даже поддержать план нового заговора, подготовленный врагами королевы Марии. Этот план включал восстание в западных графствах и поход повстанцев на Лондон, захват Тауэра и монетного двора, высадку группы заговорщиков, эмигрантов из Франции, на Английское побережье, занятие Портсмута и замка в Ярмуте, оккупацию французами острова Уайта. После этого можно было свергнуть с престола Марию Тюдор и возвести на трон Елизавету. Тщательно разработанный план выполнялся, однако, со скрипом. Вначале заколебался король, но более нетерпеливые заговорщики решили действовать, не дожидаясь его помощи. Тем временем, однако, шпионы кардинала Поула, главного советника королевы, сумели обнаружить измену. Последовали аресты заговорщиков. Елизавета опять оказалась под подозрением. Обыск, произведенный в ее резиденции, привел к конфискации у приближенных принцессы большого количества подпольной антикатолической литературы, тайно ввозимой в Англию из-за границы. Тучи снова нависли над головой Елизаветы, судьбу которой королева обсуждала в письмах к своему мужу Филиппу, покинувшему Англию. Испания в это время находилась в резко враждебных отношениях с Францией и папой Павлом IV. Английская помощь поэтому приобрела особую ценность, и Филипп II, учитывая плохое здоровье своей жены, заранее стремился заручиться благорасположением ее вероятной преемницы. Он посоветовал Марии проявить снисходительность к сестре.
20 марта 1557 года Филипп вернулся на время в Англию. Вскоре после этого, в конце апреля, 100 эмигрантов во главе с Томасом Страффордом покинули Францию и высадились в Йоркшире. Они утверждали, что действуют при полной поддержке Елизаветы. Новое восстание не приобрело большого размаха и было быстро подавлено королевскими войсками, захваченные в плен повстанцы были без промедления казнены. Филипп постарался использовать явную поддержку французами мятежников, чтобы добиться широкой английской помощи для войны против Генриха II. И снова на всякий случай использовал свое влияние, чтобы не допустить суда над Елизаветой. Англия была вовлечена в войну с Францией. Это было ярким примером того, что ближайшие цели всего католического лагеря и его ведущей державы могли серьезно расходиться.