24 декабря 1566 года было официально объявлено о прошении убийц Риччио. Можно, конечно, рассматривать это как плату сообщникам по новому заговору. Однако допустимо и другое, более простое объяснение — за виновных лордов, являвшихся наиболее активными лидерами протестантской партии, ходатайствовало правительство Елизаветы. Даже французская дипломатия присоединилась к этой просьбе, и отказать было трудно. Вместе с тем этим актом прошения в Шотландию возвращались люди, остро ненавидевшие Дарнлея за его предательство, которое тогда похоронило их политические планы и заставило удалиться в изгнание. Несомненно, что часть из вернувшихся сразу примкнула к заговору. К ним принадлежал влиятельный граф Мортон, впоследствии многие годы являвшийся регентом Шотландии. В написанной Мортоном накануне казни в 1581 году «Исповеди», в которой ему, вероятно, не имело смысла скрывать истину, он признавал, что знал о заговоре, хотя не участвовал в нем, одновременно отмечая, что активным заговорщиком был его родич Арчибальд Дуглас. В свою очередь, Дуглас в 1583 году в письме к Марии Стюарт вспоминал, что 18-го и 19 января 1567 года Мортона, возвращавшегося из Англии, встретили Босвел и Мейтленд (о самом факте этой встречи сообщал 23 января английский представитель Уильям Друро в своем донесении Сесилу). По словам Дугласа, Босвел и Мейтленд предложили Мортону участвовать в убийстве, но тот поставил условием получение письменного приказа королевы. Из письма Дугласа явно следует, что, по его мнению, Марии было известно о подготовлявшемся покушении.
Все же если причины, побудившие Марию к амнистии убийц Риччио, допускают различное толкование, то этого нельзя сказать о некоторых других ее действиях. В течение всего времени после вступления в брак с Дарнлеем Мария не скрывала своей враждебности к протестантской церкви (в отношении которой ранее, как уже отмечалось, королева придерживалась сдержанно благоприятной позиции). В октябре же 1566 года происходит новый поворот. Издается королевский указ, направленный на увеличение доходов протестантского духовенства. Оно наделяется различными дарами, в том числе денежным подарком в 10 тыс. фунтов стерлингов. Трудно объяснить все это иначе, как стремлением заручиться поддержкой такой влиятельной силы, как протестантская церковь, в предстоящем политическом кризисе, который, по мнению королевы, должен был вскоре начаться. Правда, она не обязательно могла думать только о кризисе в результате убийства мужа и особенно последующего брака с Босвелом. Политические потрясения могли казаться ей вероятными и по другим причинам — мало ли их было в это бурное время в привыкшей к усобицам Шотландии?
Однако вряд ли можно говорить о других причинах еще одного хода Марии — восстановлении прав католического архиепископа Сен-Эндрюсского Джона Гамильтона, которых его лишили в предшествующие годы. Это было сделано явно с той целью, чтобы он имел возможность развести Марию с Дарнлеем, а вероятно, также и Босвела с его женой. Эти поступки, по-видимому, свидетельствуют в пользу того, что Мария знала о заговоре против Дарнлея. Следует добавить, что сведения о нараставшей угрозе для жизни Дарнлея достигли и ушей иностранных дипломатов и разведчиков. О ней, в частности, был осведомлен французский посол Дюкрок, покинувший Шотландию за три недели до убийства. Сам же Дарнлей, как уже отмечалось, поспешил укрыться в относительно безопасном Глазго.
Таким образом, кое-что о заговоре было известно многим, и нет ничего удивительного в том, что к их числу принадлежала и Мария. Это, однако, ещё не означает участия самой королевы в заговоре или даже знания каких-либо конкретных деталей подготовки покушения.
Большой знаток шотландской истории XVI в. и автор специальной монографии о первом суде над Марией Стюарт Г. Доналдсон, взвешивая изложенные выше аргументы, склоняется к выводу, что Мария не принимала участия в заговоре или по крайней мере ее поведение легче объясняется, если исходить из этого предположения.