Уолсингем не имел ещё под рукой чиновничьего аппарата, которому он мог бы передоверить руководство своей сложной машиной. Главный секретарь сам поддерживал связь со всей многочисленной агентурой. Ближайшими помощниками Уолсингема были его личные секретари — Френсис Миллс и Томас Фелиппес. Этого Фелиппеса, низкорослого человека с рыжими волосами и изуродованным оспой лицом, мы еще не раз встретим в последующем изложении. Фелиппес знал много иностранных языков. Его по праву считали непревзойденным специалистом в чтении зашифрованных текстов, а также в подделке чужих почерков, вскрытии писем без ломки печати. В прошлом он имел какие-то столкновения с законом и был спасен Уолсингемом от наказания. Известен и другой доверенный эксперт Уолсингема — Артур Грегори. Он был специалистом по незаметному вскрытию писем и по фабрикации поддельных печатей.
Своеобразие века отразилось и в попытках совместить разведку с астрологией и даже ведьмовством. Шекспировский Макбет, став королем Шотландии, говорит о неверных ему баронах (танах):
При широком распространении как раз в XVI и в начале XVII столетия веры в козни сатаны и дьявольской челяди их нередко примешивали ко многим событиям тайной войны. В 1572 году граф Шрюсбери, который был назначен сторожить Марию Стюарт, поручил своим шпионам разведать, где совершают шабаш «католические ведьмы». Он заподозрил их в намерении освободить шотландскую королеву. Лорд Берли заслал своего разведчика Даути в эскадру адмирала Френсиса Дрейка. Тот не мог открыто расправиться с Даути как со шпионом всесильного министра и казнил его как чернокнижника, навлекшего бурю на английские корабли.
Нечистую силу часто подозревали в занятии шпионажем. Гадание по звездам тоже не раз переплеталось с тайной войной. Лорд Берли подослал к царю Ивану Грозному астролога Бомелия, которому царь, впрочем, поручил другое важное занятие — приготовление ядов. Однако Уолсингему, видимо, принадлежит приоритет в использовании гороскопов для нужд секретной службы. Практичный шеф разведки при этом совсем не стремился, подобно многим своим современникам, извлечь нужные сведения из астрологических прорицаний; он, напротив, хотел лишь использовать гороскопы для дезинформации, причем не только врагов, но и своей повелительницы, королевы Елизаветы. Уолсингем это делал с целью отвратить ее от невыгодного, по его мнению, внешнеполитического курса. Известно, что Уолсингем был противником планов брака Елизаветы с герцогом Анжуйским и позднее — его младшим братом герцогом Алонсонским. Гороскопы обоих возможных женихов составлял придворный музыкант и астролог Джон Ди, который не раз выполнял важные разведывательные поручения Уолсингема. Позднее, когда на Англию вот-вот должна была двинуться «Непобедимая армада» Филиппа II, Ди «предсказывал» бури, которые рассеют вражеский флот. Это делалось с целью помешать вербовке английских и ирландских католиков в испанские войска.
В 1580 году Рим объявил, что всякий, убивший Елизавету «с благочестивым намерением свершить Божье дело, неповинен в грехе, а, напротив, заслуживает одобрения».
Иезуитский орден продолжал подготовку к обращению англичан в свою веру. Один за другим высаживались на английский берег иезуитские лазутчики, тайно проповедовавшие против еретички-королевы и, главное, занимавшиеся сколачиванием всех сил католической партии, подготовкой заговоров в пользу Марии Стюарт и мятежей, которые помогли бы намеченному вторжению испанской армии.
Признанным организатором заговоров был отец Роберт Парсонс, в 1580 году лично возглавлявший иезуитскую миссию, тайно посетившую Англию. Он даже ухитрился создать в окрестностях Лондона передвижную типографию, печатавшую памфлеты в защиту католицизма. Спутник Парсонса Кемпион был схвачен и повешен. Парсонсу удалось бежать. С тех пор в течение многих лет он был, по существу, главным противником Уолсингема в тайной войне, неутомимо плетя из Рима сети все новых и новых заговоров. Парсонс занялся даже составлением плана будущего государственного устройства Англии после победы Филиппа и иезуитов. Католические епископы должны были получить право назначать членов английского парламента, вводилась инквизиция.