Королева спешно послала за своим советником по таким вопросам Фрэнсисом Бэконом. Нельзя ли начать преследование этого Хейуорда, обвинив его в государственной измене? Будущий лорд-канцлер и знаменитый философ сначала попытался отделаться шуткой: Хейуорда следует преследовать не за измену, а за грабеж, он совершенно обокрал Тацита. Но раздраженная Елизавета не сразу дала себя успокоить, раздумывая, не подвергнуть ли пытке наглого писаку, чтобы дознаться до его намерений. Хейуорд мог благодарить счастливую звезду, что отделался лишь заключением в Тауэр, где он оставался до смерти королевы. Сочинение Хейуорда, понятно, было сразу запрещено…
В Ирландии Эссекс не добился успехов и приписал неудачу тайным проискам врагов. В разговорах со своими приближенными он обсуждал стоявшую перед ним альтернативу — продолжать ирландскую войну в надежде стяжать лавры или вернуться с армией в Лондон, чтобы, подавив оппозицию, стать фактическим правителем Англии. С характерной для него слабостью, овладевавшей им как раз в самые критические моменты, Эссекс не решился ни на то, ни на другое. Вместо этого он, оставив армию, прибыл 28 сентября 1599 года в Лондон. Нарушая все придворные приличия, он в запыленной дорожной одежде ворвался в апартаменты королевы. Скрыв негодование, Елизавета произнесла несколько благожелательных фраз, но, как только Эссекс удалился, дала волю своему гневу. Граф был немедленно отстранен от всех должностей и взят под арест, который длился почти целый год.
Взамен Эссекса лорд-наместником Ирландии Елизавета назначила его друга Маунтжоя. Тот отправился к месту назначения, договорившись с Эссексом возобновить начатую несколько лет назад переписку с шотландским королем. Целью ее было убедить сына Марии Стюарт, что партия Сесила настроена против плана возведения Якова на английский престол после смерти Елизаветы и что шотландский король, объединив свои силы с войсками Маунтжоя, должен двинуться на Лондон и заставить Елизавету вручить Эссексу бразды правления. Осторожный и недоверчивый Яков не одобрил столь отчаянного проекта. Весной 1600 года Саутгемптон снова отправился в Ирландию с письмом от Эссекса, предлагавшего высадить армию Маунтжоя в Англии, даже если Яков предпочтет остаться в стороне. Однако к этому времени изменились взгляды самого Маунтжоя. Добившись известных успехов, он, думая о своей военной карьере, решил отделить свою судьбу от участи бывшего друга и союзника. «Для удовлетворения личного честолюбия Эссекса, — заявил Маунтжой Саутгемптону, — я не намерен вступать в подобное предприятие». А в Дондоне наряду с Сесилом ярым врагом Эссекса стал Уолтер Ралей. Суровый солдат и придворный, не брезгливый в средствах, когда дело шло о личном продвижении, Уолтер Ралей вместе с тем был искренним поклонником литературы, любителем философии, проявлял горячий, неподдельный интерес к науке.
Ралею приписывали создание тайной «Школы тьмы» — кружка друзей, которому его враги или просто суеверные горожане приписывали едва ли не характер сборища адептов черной магии и последователей дьявола. Глава английских иезуитов Роберт Парсонс со злобой писал, что в «школе атеизма, основанной сэром Уолтером Ралеем… Моисей и наш Спаситель (Христос), Старый и Новый завет подвергались осмеянию, и ученых обучают произносить имя господа наоборот». В кружок Ралея, по различным сведениям, входили известный математик Томас Гарриот, оксфордский ученый и мореплаватель Доуренс Кеймис, Кристофер Марло и другой поэт, Джордж Чэпнэн, видные аристократы, такие, как увлекавшийся астрологией и алхимией граф Нортумберленд, Фердинанд лорд Дерби. В их числе был и Джордж лорд Гуд-сон; он, а еще ранее его отец в качестве лорд-камергера являлись официальными покровителями труппы актеров, участником и драматургом которой был Уильям Шекспир. Возможно, что в его пьесе «Потерянные усилия любви» осмеяна «Школа тьмы» Ралея.
…В марте 1600 года, когда Эссексу разрешили вернуться в свой лондонский дворец, где он формально ещё оставался под домашним арестом, его враги сочли, что настало время нанести новый удар. ещё в феврале Ралей писал Роберту Сесилу: «Если Вы послушаетесь разных добрых советов проявить снисходительность к этому тирану, Вы раскаетесь, но будет поздно… Не теряйте своего преимущества, иначе я предвижу Вашу судьбу». В своем письме Ралей, делая вежливую оговорку, что он не считает себя «достаточно мудрым» для советов Роберту Сесилу, нечаянно высказал самую несомненную истину. Даже этому опытному солдату, соединявшему в себе способности придворного и блестящего ученого, было далеко до такого виртуоза, как Роберт Сесил. Сын лорда Берли отлично видел, что любая попытка ускорить события, оказывая нажим на Елизавету, может лишь нарушить постепенно укреплявшуюся у нее решимость отделаться от ставшего опасным ее бывшего фаворита. А пока к такому выводу королеву осторожно подталкивал постоянно повторявший о неизменности своих чувств к прежнему благодетелю Эссексу Фрэнсис Бэкон (в это время по трезвому расчету перешедший в лагерь Сесила).