Великий князь Московский Иван III Васильевич овдовел и женился на византийской царевне Софье Палеолог, получив «в приданое» уникальную библиотеку, принадлежавшую последнему императору Византии Константину XI, а к тому времени — семейную реликвию Палеологов. Племянница императора Софья (Зоя), обнаружив Москву деревянной и пережив в ней незначительный пожар, тут же выписала из Италии знаменитого художника и архитектора Аристотеля Фиораванти и велела ему построить под Кремлем белокаменный тайник — для «приданого». Она же и подсказала, как считают историки, Ивану Васильевичу перестроить Кремль, и с XV века Московский Кремль сделался белокаменным, а это свойство было перенесено и на саму Москву, которую «белокаменной» зовут до сих пор.
Сын Ивана III Василий III Иванович привлек для перевода имеющихся в «либерее» книг монаха Максима Грека. Переводя «Толковую Псалтирь», Максим заодно сделал и опись «либереи». Это отражено в «Сказании о Максиме Философе».
Неизвестно, каким образом передавалась библиотека от Ивана III сыну Василию, а от Василия — Ивану Грозному. Есть мнения, что и внук, и даже сын Ивана Третьего почему-то добывали для себя эту библиотеку, разыскивая её по тайникам. Якобы и Иван, и Василий
Во время Ливонской войны в 1565–1566 годы в Россию привезли пленных ливонцев и расселяли по разным провинциальным городам, в основном во Владимир. Их сопровождал Дерптский пастор Иоанн Веттерман. Встретившись с Иваном Грозным в Александровской слободе, пастор получил предложение от царя заняться переводом древних книг на русский язык. Побывав в хранилище и увидев собственными глазами сокровище, о котором по Европе ходили слухи, Тартуский пастор онемел от столь великого числа редкостей и раритетов, произведений и имен в одном подземелье. Протянув время с окончательным ответом, Веттерман якобы занялся работой над переводами, а на самом деле составил каталог государевой сокровищницы. В начале XVII века в «Хронике» Ф. Ниенштедт как раз описывал приключившееся с Дерптским пастором в России. Вероятно, список Ваттермана «всплыл» в 1822 году, когда профессор Дерптского же университета Христиан Дабелов обратился в некоторые городские архивы Эстляндии с просьбой прислать ему интересные исторические публикации и документы. Из Пернова (Пярну) ему пришёл пакет, где лежали два исписанных листочка. Текст был написан на старонемецком языке чернилами, к тому времени почти выцветшими:
«…Сколько у царя рукописей с востока. Таковых было всего до 800… Ливиевы истории, Цицеронова книга Де республика и восемь книг Историарум. Светониевы истории о царях… Тацитовы истории. Вергилия Энеида и Итх…»
«Итх….» — это «Итхифалеика», популярная среди современников Вергилия, но ко времени Смуты на Руси уже считавшаяся утерянной. Кроме известных гимнов Пиндара, библиотека содержала и другие его стихотворения, о которых не знал никто. Историческая же часть «либереи» была самой полной: историки были представлены почти всё и в полном объёме!
Сделав копию со списка, Дабелов отправил документ обратно в Пернов.
Дерптский же профессор Вальтер Клоссиус в 1826 году приехал в Пернов ознакомиться с этим списком в подлиннике, но… списка уже не было в наличии!.. Клоссиус скрупулезно и терпеливо разыскивал «либерею» в Москве, но не нашёл. В конце прошлого века Страсбургский учёный Эдуард Тремер, испросив высочайшего соизволения императора Александра III, специальным зондом исследовал землю под сооружениями Московского Кремля. Его поиски не дали результата, хотя он очень надеялся на подвалы — подклеточный этаж теремного дворца, возведенного как раз на белокаменных погребах. Подтверждением блестящей возможности мелькнуло тогда сообщение, что в теремном дворце под мусором и бочками с дегтем обнаружена небольшая дворцовая церковь. Горько сожалея о неудаче, в момент отъезда из России Э. Тремер сказал: «Наука поздравит Россию, если ей удастся отыскать свой затерянный клад».