И вот 19 мая 1845 года состоялось торжественное отплытие новой экспедиции под руководством сэра Джона Франклина: два парусника, «Эребус» и «Террор», отправились выполнять ту же задачу — впервые пройти Северо-Западным морским путем. Франклин был капитаном «Эребуса», капитаном «Террора» — Крозье.
Франклин писал жене несколько раз. Последнее его письмо, оптимистическое и подробное, на шестнадцати страницах, Джейн Франклин получила в августе. Оно было написано на Китовых островах. Жены членов команды тоже получили письма. Например, Осмер, эконом с «Эребуса», писал жене, чтобы их ждали домой в 1846 году, а в письме Фицджемса говорилось, что «на судне с утра до вечера не умолкает смех». Надежды участников экспедиции были самыми радужными.
Одна только Джейн знала: не все в порядке. И беспокоилась гораздо прежде того времени, когда уже следовало беспокоиться. Экспедицию всё-таки постигла долгая, растянувшаяся на два года трагедия. Джейн обладала хорошей интуицией, но ещё она знала то, чего не знали другие. Произошло это накануне отплытия.
Франклину нездоровилось. Он спал на диване, а Джейн сидела рядом и шила флаг, который муж должен был взять с собой. Подумав, что Франклину холодно, закончив работу, Джейн набросила флаг мужу на ноги. Проснувшись и заметив это, Франклин сказал спросонок: «Почему меня прикрыли флагом? Разве ты не знаешь, что флагом покрывают покойников?» Это был знак, думала Джейн, и потому беспокоилась с самого начала. Она старалась не думать об этом, но не думать не могла. Пыталась уйти в работу по подготовке экспедиции — это она позаботилась о множестве столь необходимых для команды мелочей, создававших комфорт в нелегком путешествии. Библиотека в 1200 томов, даже доска для игры в триктрак и живая обезьянка — её рук дело…
Закончился 1846 год, а от Франклина — никаких вестей. Прошла вторая годовщина со дня отплытия, прошел и 1847 год… Прошло три года!
Трудно обвинять власти в бездеятельности. Во-первых, экспедиция на Север была уже не первой, и потому запасов продовольствия на кораблях (24 офицера и 102 матроса) было заготовлено на три года. К тому же было известно, что Американский (Канадский) Север изобилует дичью, рыбой, оленями (карибу), и при нехватке провианта опытные полярники, из которых в основном и состояла экспедиция, всегда смогут добыть пропитание на месте. Во-вторых, неспроста экспедицию возглавлял 59-летний Франклин: английские власти ценили не только его опытность и способность в тяжелейших условиях принять единственно правильное решение. Учитывая прошлые походы, капитан Франклин настоял на усилении обшивки судов (правда, за счет ходовых качеств). С момента освоения Канадского Севера многие герои обследовали прежде неведомые берега и воды и нанесли их на карты. Франклин располагал и данными собственных походов, и данными походов Кука, Макензи, а значительно раньше — Дэвиса, Баффина, и современников — Джона и Джеймса-Кларка Россов (дядя и племянник), Парри, Бака, Диза и Симпсона, других исследователей.
Отсутствие известий от Франклина вызвало волнение общественности, она стала бить тревогу и обвинять адмиралтейство именно в бездеятельности. Надо сказать, большую роль в этом сыграла Джейн Франклин. Ее сердце чувствовало беду.
В 1847 году, не имея сведений из похода, адмиралтейство стало готовить спасательные экспедиции.
Джейн настаивала, чтобы спасатели пошли к устью реки Больших Рыб. И ошибка адмиралтейства состоит в том, что оно назначило целых три экспедиции — в Берингов пролив, в устье Макензи и к проливу Ланкастер, но не вняло предчувствию вдовы.
Когда спасатели отплыли к месту назначения, всем показалось, что они подготовлены плохо и наспех, и едва прозвучала критика в адрес адмиралтейства, сразу же стали готовить следующую спасательную экспедицию. В январе 1848 года в Берингов пролив отплыл на «Шивере» капитан Мур. В марте из Канады отправился пеший отряд спасателей Джона Ричардсона и доктора Джона Рея. В мае на «Энтерпрайзе» и «Инвестигейтере» к проливу Ланкастер отплыл Джеймс Кларк Росс. С ним Джейн послала письмо супругу: «Любовь моя, если ты получишь это письмо, пусть облегчит оно твои страдания».
Через год, не получив положительных результатов, адмиралтейство объявило, что любое судно, которое сможет оказать помощь пропавшей экспедиции, получит в награду 20 тысяч фунтов стерлингов. Однако в мае 184 9 года оно отказалось продать леди Франклин два лихтера, которые Джейн за свой счет хотела отправить на поиски в район устья реки Больших Рыб. В июне она отправилась на Оркнейские, а затем на Шетландские острова.