Новое боевое расписание армии и порядок ее формирования были установлены приказом Верховного Главнокомандующего от 3 января 1919 года. В Ставке было разработано основное направление удара — Вятка — Вологда — Котлас. Конечной целью был обозначен Архангельск. Еще 24 декабря 1919 года была успешно завершена первая часть этого плана, когда от большевиков была освобождена Пермь, однако очень скоро исполнение этого плана оказалось трудновыполнимым из-за недостаточной материальной и технической подготовленности частей и обозначившегося отката фронта в его центре. Особым фактором, влияющим на четкость исполнения стратегического плана, являлась большая протяженность фронта почти в 1800 километров, от северного Каспия до Северной тундры. В ходе упорных оборонительных боев Белая армия на Востоке была вынуждена оставить обширные территории на Южном Урале и прочно закрепилась в предгорьях Среднего Урала. Однако, стоит заметить, что из 17 тысяч офицеров во всех армиях Восточного фронта всего лишь 1 тысяча являлась кадровыми, что обусловливалось трудностями и опасностями, связанными для офицеров бывшей императорской армии с путешествием в Сибирь. На Восточном фронте собирались люди, в массе своей случайные, примкнувшие стихийно к движению сопротивления большевизму. Военные кадры подготавливались в некоторой спешке, и всего за время ускоренных 6-недельных курсов армия получала новоиспеченных офицеров, значительно проигрывавших в своих умениях и опыте даже самым заурядным кадровым служакам, побывавшим в огне недавней Великой войны. В отличие от Юга России на Востоке ощущалась нехватка высших военачальников, способных грамотно вести боевые действия с превосходящими силами противника. Наиболее яркие и талантливые военные руководители, такие как Владимир Оскарович Капель и Анатолий Николаевич Пепеляев, оставались на втором плане в силу того, что прежнее, стихийное повстанческое движение уже выдвинуло многих случайных людей на командные должности. Сам Верховный правитель был лицом, хорошо разбиравшимся в вопросах морской войны, однако сухопутная стратегия была для него вещью относительно сложной. Его начальником штаба стал направленный с Дона 26-летний корниловский капитан Дмитрий Лебедев, быстро дослужившийся до генеральского звания, однако в силу ограниченности познаний в штабной работе, являвшийся также не лучшим выбором для Восточного фронта.
По странной иронии судьбы, Колчак не воспользовался обстоятельствами, приведшими в Сибирь эвакуированную из Петрограда сначала в Казань, а затем, после ее захвата восставшими чехами, далее на Восток академию Генерального штаба, представленную ее лучшими кадрами — генералами Матковским, Иностранцевым, Суриным, Рябиковым и Андогским.
Ударной силой Восточного фронта были немногочисленные Уссурийское, Амурское, Семиреченское, Забайкальское и Оренбургское казачества, однако некоторые из атаманов открыто не признавали над собой власти Верховного Правителя, отдавая предпочтение интересам своих областей, порой в ущерб общим операциям и действиям.
В начале марта 1919 года инициатива оказалась в руках белогвардейцев. Ставка представила новый стратегический план наступления на Пермско-Вятском и Самаро-Саратовском направлении в качестве первой фазы развития общего наступления, и, в случае успеха, продолжилась бы двумя главными ударами на обоих направлениях с перспективой наступления на Москву с севера, юга и востока.